De rampen, die de opstand van Eng Kang te weeg bragt, belette de Chinezen niet in de eilanden, en bijzonder in de provincie Laguna door te dringen, waar een andere opstand, waaraan 30,00 °Chinezen moeten deel genomen hebben, in 1639 ontstond. Zij verdeelden zich in guerillas, die het land verwoestten, doch werden in het volgende jaar tot onderwerping gebragt; 7,000 hunner gaven zich vrijwillig over. Spaansche geschiedschrijvers zeggen dat de haat, die de Indianen de Chinezen toedroegen, hen uit hunne gewone bedaardheid deden ontwaken en zij buitengewonen ijver en werkzaamheid aan den dag legden bij de uitroeijing van de aanvallers.
In de twisten tusschen de inlanders en de Spanjaarden werden zelfs de zendelingen niet altijd gespaard, terwijl de Spanjaarden dikwijls verraden werden door die personen, waarin zij het meeste vertrouwen stelden. De zware afpersingen en belastingen, die men die Indianen onder Fajardo oplegde, leidde tot een opstand in Palopag, waarbij de Jezuïtische geestelijke vermoord en het klooster en de kerk verwoest werden. De beweging verspreidde zich over verscheidene eilanden en vele gevangenen te Caraga werden vrij gelaten om een’ Indiaan gevangen te nemen, Dabao genaamd, die zóó goed zijne zending vervulde, dat toen de Gouverneur bij de forteres kwam om de krijgsgevangenen op te eischen, Dabao zich van Zijne Excellentie meester maakte en hem onthoofdde, met behulp van de gevangenen een aantal Spanjaarden, die zich in de nabijheid en waaronder zich priesters bevonden, vermoordde, zoodat niet meer dan zes, en daaronder een Augustijner barrevoets gaande monnik, ontkwamen en naar de hoofdstad vlugtten. Toen nu echter versterking van troepen uit Manilla aanrukte, gaven de Indianen zich over, onder belofte eener algemeene vergiffenis. «Deze belofte – zegt de Spaansche geschiedschrijver – werd niet nagekomen; de leiders van den opstand werden integendeel opgehangen en eene groote menigte Indianen gevangen gezet.» De Gouverneur-Generaal echter «keurde de verbreking van eene in naam des Konings gedane belofte niet goed»; hij beval dat de Spaansche aanvoerders gestraft en de zich nog in de gevangenis bevindende inlanders losgelaten zouden worden.
In 1645 hadden gedurende twee maanden vreeselijke aardbevingen plaats. In Cagajan werd een berg het onderste boven gekeerd en eene geheele stad aan zijnen voet bedolven. Waterstroomen en modderregens overstroomden een aantal plaatsen. Alle openbare gebouwen in de hoofdstad werden vernield, uitgezonderd het klooster en de kerk der Augustijnen en die der Jezuïten. Zes honderd personen werden te Manilla onder de ruïnen van hunne huizen bedolven en 3,000 menschen moeten bij deze ramp het leven hebben verloren.
De Lara onderscheidde zich door zijne godsdienstige gevoelens. Bij zijne komst in 1653 weigerde hij aan te landen, voordat de bisschop hem voorafgegaan was en den grond heiligde, dien hij betrad. Hij vierde een jubilé op gezag van den Paus, waarbij het land van «alle misdaden, wanbedrijven en vloeken» werd gezuiverd, waardoor het sedert zoovele jaren besmet was. De aartsbisschop, staande op een plat-forme te Manilla, zegende de eilanden en hunne bewoners in tegenwoordigheid van eene tallooze menigte. Verzoeningen, belijdenissen, vergiffenissen volgden op deze «gewijde dagen»; doch de zegeningen schenen weinig voordeel te hebben aangebragt, daar zij door aardbevingen, stormen, oproer, ongestrafte zeerooverijen, kortom, om de woorden van een’ Spaansch schrijver te gebruiken, «door een webbe van ongelukken en rampen» gevolgd werden. Men zond zendelingen uit om de Mohammedanen te bekeeren, doch zij werden ter dood gebragt, terwijl menige bekeerling verrader werd. Kung Sing, het hoofd van de zeerooversbende, die Formosa veroverd en 1,000 jonken met 100,000 man onder zijne bevelen had, had eene zending naar Manilla uitgevaardigd, waardoor hij de onderwerping van de eilanden aan zijne magt liet vragen, of anders met een onmiddellijken inval dreigde. Deze bedreiging bragt een algemeene schrik te weeg; men beval al de Chinezen het land te verlaten, doch zij verzetteden zich hiertegen en nu werden zij bijna allen vermoord. «Het is verwonderlijk – zegt de Mas – dat na zulke herhaalde nederlagen een enkel Chineesch schip nog op de Philippijnen heeft durven komen.» Zij moesten die slagen op verschillende tijdperken van hunne landslieden verdragen, ofschoon het zeker is dat zij dikwijls de donderbui op hunne eigene hoofden hebben doen neêrkomen. De Lara, dien men van omkooping had beschuldigd, werd met eene boete van 60,000 dollars gestraft; hem werd vergiffenis geschonken en hij keerde naar Spanje terug, waar hij geestelijke werd en te Malaga, zijne geboortestad, stierf.
De «godsdienstige» de Lara vond in zijnen opvolger een man van een geheel ander karakter. Het was Salcedo, een Belg van geboorte, die in 1663 werd benoemd. Hij twistte met de priesters, beboette den aartsbisschop en veroordeelde hem tot ballingschap; liet hem staan terwijl hij hem ten gehoore ontving, en beleedigde hem daarna, en bij den dood van den aartsbisschop, die weinige maanden later plaats had, werden er groote fiestas gegeven en daarbij de heilige dienst «de Profundis» ter eere van den afgestorvene verboden als onvereenigbaar met de burgerlijke festiviteiten. De inquisitie kwam later tusschen beide, en hare agenten bijgestaan door eene oude vrouw, die de sleutels bewaarde, drongen in het paleis waar zij den Gouverneur slapende vonden, hem ketenden in boeijen en als gevangene naar het Augustijner klooster bragten. Daarop scheepten zij hem in naar Mexico, doch onderweg stierf hij. De koning van Spanje veroordeelde echter deze handelingen; hij verklaarde de eigendommen van hen die daartoe medegewerkt hadden, verbeurd en stelde de erfgenamen van Salcedo weder in het bezit van al hetgeen hem ontnomen was.
Manuel de Leon verkreeg in 1669 eene groote reputatie onder de geestelijken. Hij regeerde acht jaren en vermaakte zijne goederen aan obras pias (liefdadige werken of instellingen). Zijn voorganger, Manuel de la Pena Bonifaz (tijdelijk aangesteld), had geweigerd zijn gezag over te geven. Hij werd nu als opstandeling beschouwd, zijne goederen verbeurd verklaard en zijne inhechtenisneming bevolen, doch hij zocht eene schuilplaats in het klooster der Recoletos, waar hij stierf. Er ontstond een twist tusschen de adspiranten naar het tijdelijke bestuur; de daartoe benoemde oefende zijn gezag slechts zes maanden uit. Hij werd bij zijnen dood opgevolgd door zijnen mededinger, die in 1678 door Juan de Vargas Hurtado werd vervangen. Omstreeks dezen tijd hadden er groote geschillen plaats tusschen de geestelijkheid en de burgers. Er werd eene excommunicatie tegen den Gouverneur uitgevaardigd; hem werd bevolen iederen feestdag in de kathedraal en de kerken van Parcan en Binondo barrevoets en met een touw om den hals te verschijnen. Hij weigerde zich aan zulk eene onteering te onderwerpen en leidde nu een eenzaam leven aan de oevers van rivieren, geheel van de wereld afgetrokken, tot dat men hem vergunning gaf zich naar Nieuw-Spanje te begeven; hij stierf echter van verdriet op de reis.
Men moet, wanneer men de gebeurtenissen op de Philippijnen nagaat, in de gedachte houden dat de eenige geschiedschrijvers de monniken zijn, en dat hunne goedkeuring of veroordeeling wel niet als een onpartijdig en billijk oordeel kan aangemerkt worden. Hurtado wordt door hen van vele despotische handelingen beschuldigd; zij zeggen dat hij, ten einde zijne plannen te doen gelukken, de monniken met den hongerdood dreigde en door wachten verhinderde dat men voedsel in de kloosters bragt; dat hij zich in verkiezingen van geestelijken mengde en de inhechtenisneming beval van Bonifaz, dien hij vervolgde en die zijn onmiddellijke tijdelijke voorganger was geweest; deze vlugtte naar een klooster der Recoletos (barrevoets gaande Augustijners) en werd door hen beschermd. De Jezuïten ontkenden zijne aanspraak op bescherming, doch gedurende de geschillen stierf Bonifaz en thans openbaarde zich een ander voorbeeld van de haatdragendheid van het odium theologicum en van de eenheid en harmonie waarop de kerk van Rome somtijds boogt als gevolgen van hare onfeilbaarheid. De aartsbisschop twistte in dien tijd met de burgerlijke regtbanken, tot wie hij zijne mandamus rigtte, en wier vertoogen hij beantwoordde met hen te herinneren dat alle wereldlijk gezag aan dat der geestelijken onderworpen was. De aartsbisschop werd in arrest genomen en door de Audiencia tot ballingschap veroordeeld. Hij werd gedwongen zich in zijne ambtelijke kleederen naar het vaartuig te begeven, dat hem naar Pangasinan voerde. De Dominikaners, tot wier orde de aartsbisschop behoorde, slingerden daarop hunne excommunicatiën en censuur, terwijl troepen naar het klooster werden gezonden om te beletten dat men de klokken luidde, en door alarm te maken het volk zou verzamelen. De provinciaal, die het meest aan dezen tegenstand had deelgenomen, werd met andere monniken naar Spanje gebannen. Toen zij gereed stonden te vertrekken, beval de deken de tegenwoordige soldaten de voeten van den provinciaal te kussen en hem alle eer te bewijzen, terwijl hij zijne zegeningen over de monniken uitsprak. Te midden van deze verwarring kwam een nieuwe gouverneur (Curuzcalegui) in 1684 aan het bewind, die zich voor de geestelijkheid partij