In 1687 zond de Koning van Spanje een commissaris om een onderzoek in te stellen naar de onlusten, die op de Philippijnen heerschten. De Paus had de partij opgenomen voor de meest hevigen der geestelijkheid en Pardo (de aartsbisschop), die zich dus in zijne hartstogtelijkheid aangemoedigd zag, verklaarde de kerken der Jezuïten ontwijd, waarin de ligchamen der burgers waren begraven, die tegen de monniken hadden geoordeeld. Hun stoffelijk overschot werd opgegraven, doch de meeste regters, die de regten van den Staat tegen de geestelijke invallen hadden verdedigd, waren gestorven vóórdat de commissaris aankwam, en gelukkig voor de openbare orde, overleed de oproerige prelaat zelf ook in 1689. Curuzcalegui stierf hetzelfde jaar. Na eene korte tijdelijke tusschenregering (gedurende welke Valenzuela, de Spaansche Minister, die door Karel II naar de Philippijnen was gebannen, op zijne terugreis te Mexico door den trap van een paard werd gedood) werd Fausto Cruzat y Gongora in 1690 met de waardigheid van Gouverneur bekleed. Zijn bestuur is zeer merkwaardig door den finantiëlen voorspoed. Het duurde elf jaren, want zijn opvolger, Domingo de Zubalburo, ofschoon in 1694 benoemd, kwam eerst in 1701 aan. Hij verbeterde de haven, doch werd door den Koning van Spanje ontslagen, omdat hij een Pauselijken legaat à latere had toegelaten zonder hem zijne geloofsbrieven af te vragen. De Audiencia vorderde ze van hem, waarop de legaat antwoordde dat hij verbaasd was dat zij het wagen durfden zijn gezag in twijfel te trekken. Hij verschrikte het volk door deze verklaring en ging voort een collegie te stichten in den naam van St. Clement. De Koning was zóó verstoord, dat hij bevel gaf om het gebouw te vernielen; voorts legde hij de Oidores (regter) eene boete van 1,000 dollars op en ontzette den deken van zijn ambt. Martin de Ursua y Arrimendi kwam in 1709 en stierf diep betreurd in 1715; hij stuitte de toevloeijing van Chinezen en verzoende dus volksvooroordeelen. De tijdelijk aangestelde Gouverneur, José Torralba, werd beschuldigd van diefstal uit ’s lands schatkist tot een bedrag van 700,000 dollars. Een koninklijk bevel gelastte hem 40,000 dollars terug te geven en te waarborgen; hieraan echter niet voldoende, werd hij, in boeijen geklonken en gevangen gezet. Later werd bevel gegeven hem naar Spanje te zenden, doch hij stemde er in toe 120,000 dollars te betalen. Hij had de middelen niet en stierf als een bedelaar. Fernando Bustillo (Bustamente) landde in 1717 aan. Hij besteedde groote sommen aan nuttelooze gezantschappen en leefde op een grooten en verspillenden voet. Hij stelde finantiële hervormingen in het werk en liet een aantal personen, die geld aan den Staat verschuldigd waren, gevangen nemen. Hij maakte zich ook van eenige der voornaamste inwoners van de hoofdstad meester, dreigde de regters, die naar het klooster vlugtten en daar bescherming zochten. Torralba kwam in gunst bij hem; hij verloste hem uit de gevangenis en gebruikte hem om de magt van de Audiencia te ondermijnen, door hem met zijn gezag te bekleeden. Hij beval dat, op het lossen van een stuk geschut, al de Spanjaarden zich naar het paleis zouden begeven; arresteerde den aartsbisschop, het kapittel der hoofdkerk en verscheidene prelaten en geestelijken, waarop een oproer ontstond; eene massa volks ijlde naar het paleis en doodde den Gouverneur en zijn’ zoon, die zijnen vader ter hulpe gesneld was. Francisco de la Cuesta werd tot het bestuur geroepen. De nagelaten kinderen van Bustillo werden naar Mexico gezonden, en de Audiencia maakte een rapport van het gebeurde aan den Koning op, die Toribio José Cosio y Campo benoemde en degenen liet straffen, die den dood van den vorigen Gouverneur hadden veroorzaakt, doch door den invloed van een’ Franciskaner monnik bragt men Cosio er toe herhaaldelijk uitstel te verleenen, zoodat niets gebeurde van hetgeen bevolen was. In 1729 werd het bestuur overgedragen op Fernando Valdes y Tamon, die de militaire inrigtingen hervormde en eene expeditie tot verovering van het eiland Palaos zond; doch deze poging mislukte en in 1739 werd hij opgevolgd door een’ Vlaminger, Gaspar de la Torre. Hij behandelde den fiscaal Arrojo zóó gestreng dat hij daarvan stierf. Hij werd gemelijk, neêrslagtig en in zich zelven gekeerd en stierf in 1745. De bisschop van Ilocos, vader Juan Arrechedera, volgde hem als Gouverneur op en de Sultan van Jolo, die gedoopt wenschte te worden, bragt hem een bezoek te Manilla. De aartsbisschop, wien de zaak werd opgedragen, verklaarde dat de Sultan door de Dominikaner monniken van Panogui in den schoot der kerk was opgenomen. De markies van Obando kreeg in 1750 het bestuur in handen. De aartsbisschop, dien hij deed vervangen, had van het Spaansche kabinet bevel ontvangen de Chinezen van de eilanden te verdrijven; doch hetzij uit eerlijke overtuiging dat de tenuitvoerlegging van dit bevel de belangen van de Philippijnen zou schaden, waaromtrent hij zeer juist oordeelde – of wel (zooals de inlanders willen) uit eene zekere genegenheid voor de Chinezen, stelde hij, onder verschillende voorwendsels, de openbaarmaking van het koninklijk bevel uit. Obando wikkelde zich in twisten met de Muselmansche inwoners van Mindanao, waartegen hij niet was opgewassen. Hij besloot den Sultan van Jolo te herstellen, doch toen hij Zamboanga bereikte, beschuldigde hij den Sultan van ontrouw (infidencia), zond hem naar Manilla en liet hem in de gevangenis zetten. De Mohammedanen kwamen hiertegen op. Obando verlangde het bevel tegen hen te voeren. De Audiencia maakte echter bezwaar den persoon des Gouverneurs bloot te stellen. De expeditie mislukte en de onlusten namen toe. Hij legde het bewind neder in een slechten gezondheidstoestand en stierf op den terugweg naar zijn vaderland. Pedro Manuel de Arandia kwam in 1754 aan het bestuur. Hij bestreed de Mohammedanen (of Mooren, zooals de Spaansche schrijvers ze gewoonlijk noemen) met eenig succes. Hij koesterde het voornemen den Sultan van Jolo te herstellen, doch liet zich in twisten met de geestelijkheid in en zijne handelingen vonden afkeuring bij het Spaansche Hof. Zijne onpopulariteit wekte droefgeestigheid bij hem op en ten gevolge daarvan stierf hij in 1759. Ofschoon hij zijne goederen voor liefdadige doeleinden vermaakte, vermoedde men dat het aanzienlijke bedrag van de waarde daarvan, 250,000 dollars, een gevolg was van de oneerlijke administratie, door hem gevoerd. De bisschop van Zebu, en daarna de aartsbisschop van Manilla, Manuel Rojo, voerden tijdelijk het bewind na den dood van Arandia. Rojo gaf Manilla in 1762 aan de Britten over4. Hij werd gevangen genomen en stierf in 1764 in den kerker, naar men wil van verdriet en schaamte. Simon de Anda Salazar, een der regters van de koninklijke Audiencia werd met het bestuur belast tijdens de Engelschen de hoofdstad in bezit hadden, en vestigde zijn gezag te Pampanga, waar hij zelf het bewind voerde tot de komst van Francisco de la Torre, die voorloopig door de kroon werd benoemd en door tusschenkomst van Anda, Manilla van de Britten wederkreeg. José Raon kwam in 1766 aan het bestuur.
De Sultan van Jolo, die door de Engelschen op zijn troon hersteld was, veroorzaakte veel schade op het eiland Mindanao aan Raon, die niet in staat was zijne landslieden te beschermen. Er werd besloten tot de verdrijving der Jezuïten en dit geheime plan kwam den Gouverneur ter oore. Hij werd beschuldigd van ontijdige openbaarmaking, en verdacht eene portefeuille met belangrijke documenten te hebben verborgen. Men beval zijne gevangenzetting in zijn eigen huis, waar hij stierf.
Een der geschiedschrijvers van de monnikenorde geeft het volgende verhaal van de wijze waarop de weêrspannige Indianen werden behandeld: «Arza begaf zich met den invloedrijken bijstand van de Augustijner monniken en van de (talrijke) getrouwen naar Vigan en herhaalde daar wat hij te Cagallan had verrigt; hij had meer dan honderd personen laten ophangen en daaronder Dona Gabriela, de vrouw van Silang, eene mestiza, die malas manas (slechte streken) had en niet minder dapper dan haar man, die notaris was, – benevens een groot aantal cabecillas (oudsten van familiegroepen), die naar de bergen van Alva vlugtten; wat het overige gepeupel van deze weêrspannige menigte betreft, vergenoegde hij zich ieder hunner 200 geeselslagen te geven en hen te pronk te stellen. Hij zond 3,000 Ilocos zegevierend en met een rijken buit naar Pangasinan. Dit gebeurde in 17635.»
Na de verovering van Manilla door de Britten, vermoedde men natuurlijk dat zij de verschillende oproeren, die op deze gebeurtenis volgden, aanmoedigden. Het onstuimige en despotische karakter van Anda, die het bestuur over de eilanden aanvaardde, haalde hem vele vijanden op den hals en hij schijnt al die oppositie tegen zijne willekeurige handelingen als de bewijzen van verraderlijke verhoudingen met de Engelschen te hebben beschouwd. Ongetwijfeld werd hunne tegenwoordigheid met vreugde begroet, vooral door de Muselmansche bevolking van de zuidelijke eilanden, die daarin eenige hoop zagen van het Spaansche juk bevrijd te worden, doch zelfs de Philippijnsche geschiedschrijvers doen de Britsche autoriteiten regt wedervaren en merken op dat zij de zeerooverijen van hunne bondgenooten straften, zonder aanzien des persoons. De Spanjaarden