Та оскільки ігнорувати освітні прагнення жінок було неможливо, уряд повернувся до звичної практики роздільного навчання у вищій школі. Відтепер, особливо після 1905 р., відкриття Вищих жіночих курсів відбувалося з дещо меншим клопотом, проте, як і раніше, їхня організація та діяльність були цілковитою справою приватної та громадської ініціативи.
Першими в Україні, ще в 1903 р., були відкриті Жіночі педагогічні курси в Одесі. Їх одразу замислювали як загальноосвітні, проте, щоб мати кращі шанси на відкриття, професори-засновники надали їм педагогічного спрямування. У 1906 р. ці курси були остаточно реформовані у Вищі жіночі курси університетського типу, при цьому нарешті цій справі змогли прислужитися кошти, зібрані на потреби майбутніх курсів професором О. Трачевським іще у ХІХ столітті.
У 1905 р. у Києві відбулося відкриття Вищих вечірніх жіночих курсів, заснованих Аделаїдою Жекуліною (цього самого року вона перетворила започатковану нею раніше жіночу школу на гімназію, ставши таким чином засновницею жіночих шкіл одразу двох ступенів – середньої та вищої). Ці курси мали педагогічну спрямованість і переважно були орієнтовані на жінок, які працювали, чому слугував і вечірній час занять. У цьому ж 1905 році відкрилися й інші Вищі жіночі курси, засновані професором М. Довнар-Запольським, які, проте, вже у 1907 р. були перетворені на Комерційний інститут із спільним навчанням чоловіків та жінок. Відновити ж закриті у 1889 р. Київські вищі жіночі курси професорам Університету Святого Володимира вдалося лише у 1906 році. Майбутні викладачі давно готові були продовжити справу своїх попередників: їхні звернення до міністерства народної освіти за дозволом на відновлення роботи курсів стали практично регулярними. Не менш активними були й аналогічні звернення жінок. Проте революційний 1905 рік, маніфестації студентів, тимчасове припинення занять викликали занепокоєння уряду, який боявся, щоправда небезпідставно, що до «активного студентського елементу» приєднається його жіноча частина. За дозволом на відновлення Київських вищих жіночих курсів делегації професорів на чолі з ректором Університету Святого Володимира М. Цитовичем довелося їхати до міністерства народної освіти, адже у справі відкриття курсів була суттєва умова: згідно із заповітом київського доброчинця К. Крижановського, курси могли отримати у спадок його будинок із садибою