Таким чином, створення Вищих жіночих курсів стало певним компромісом: уряд дозволяв їхнє відкриття, проте розглядав це як вимушену поступку й не гарантував таким закладам жодних прав. Понад те, усю відповідальність за їхню організацію та діяльність покладали на професорів, а матеріальну підтримку – також на громадськість, адже фінансової допомоги від держави ці приватні заклади не отримували.
Первісно на Вищих жіночих курсах у Києві було передбачено дворічний курс навчання, проте внаслідок численних клопотань з боку їхнього засновника професора С. Гогоцького та його заступника В. Антоновича вдалося подовжити термін навчання до трьох, а потім і до чотирьох років. Уже перший випуск слухачок (1882) пройшов повний чотирирічний курс, який на одному з двох, історико-філологічному, відділенні був наближений до університетського. На фізико-математичному відділенні через брак знань, отриманих курсистками у середній школі, навчальний курс фактично був перехідною сходинкою між гімназією та університетом. Складність навчання, невизначеність статусу курсів – які, попри усі намагання, так і не отримали для випускниць викладацьких прав, ширших за ті, які дівчата здобували в педагогічних класах гімназій, – призвели до скорочення кількості курсисток. Тому через малу чисельність слухачок у 1886 р. було вирішено закрити фізико-математичне відділення, його предмети залишилися додатковими до гуманітарного циклу. Того самого року урядовим розпорядженням набір на курси припинявся, але слухачки, які вже навчалися, могли завершити навчання, що тривало до 1889 року. Отже, єдиний у підросійській Україні вищий навчальний заклад для жінок проіснував лише 11 років, не маючи, як і решта Вищих жіночих курсів, спеціального статусу й державної підтримки. Київські вищі жіночі курси поступово втрачали слухачок, адже дозволити собі чотирирічне платне навчання (50 карбованців на рік) без чітких професійних гарантій могли далеко не всі охочі до знань. Особливо скрутно доводилося некиянкам, які змушені були винаймати житло й у більшості випадків поєднувати роботу з навчанням, – таких було близько половини курсисток. Та попри це і всупереч несприятливій політиці уряду Київські курси відіграли