L'exécution de ces desseins fut singulièrement facilitée par le temps que perdit le duc d'Anjou à faire le siège de Saint-Jean-d'Angély. «Comme l'assiégement de Poitiers, dit La Noue, fut le commencement du malheur des huguenots, aussi fut celui de Saint-Jean-d'Angély l'arrêt de la bonne fortune des catholiques.» Piles, gouverneur de cette place et un des plus vaillants capitaines calvinistes, arrêta, pendant près de deux mois, l'armée royale sous ses murs, malgré la présence de Charles IX, qui, jaloux des succès de son frère, avait voulu jouer au généralissime, ce qu'il fit, du reste, avec ardeur et bravoure. Saint-Jean-d'Angély se rendit, au mois de décembre, au moment où l'amiral, toutes choses réglées au mieux, commençait avec une armée disloquée, sans bagages et sans argent, la retraite la plus extraordinaire sur le sol français dont nos annales aient gardé le souvenir. «En neuf mois,» selon la remarque de La Noue, «l'armée de messieurs les princes fit près de trois cents lieues, tournoyant quasi le royaume de France.»
Jusque sur les bords de la Dordogne, l'armée n'eut guère à souffrir que du mauvais temps et des privations. Le passage de la rivière était une question capitale. Il s'effectua sans encombre, grâce à la prévoyance et à la vigueur de deux capitaines, La Loue et Chouppes. La Dordogne franchie, l'armée des princes remonte le cours de la Garonne sans être inquiétée, prend Aiguillon et diverses petites places, et s'ingénie à construire un pont de bateaux au Port-Sainte-Marie, pour favoriser sa jonction avec l'armée de Montgomery, qui, après sa foudroyante campagne d'Armagnac et de Béarn, hivernait à Condom. «Le pont, qui avait attendu le comte plus de quinze jours, dit d'Aubigné, fut rompu par quelque moulin qu'on laissa dériver la nuit; l'eau étant grande, les pièces en furent emportées jusques à Saint-Macaire; et ainsi il fallut que les troupes de Béarn passassent dans des bateaux, non sans grande longueur et incommodité. A ce terme, acheva l'année (1569).» Montluc se vante, dans ses Commentaires, d'avoir imaginé ce bélier flottant, bien digne, en effet, de son esprit inventif.
L'armée séjourna tout un mois à Montauban, côtoya le Tarn, le franchit et s'empara d'un fort, près de Toulouse, où l'amiral s'établit, comme un oiseau de proie dans son aire. Toulouse était à l'abri de ses entreprises, mais la campagne fut ravagée; on brûla presque toutes les maisons de plaisance, surtout celles des «justiciers». On vengeait, de la sorte, le meurtre judiciaire de Rapin. «Justice de Rapin!» lisait-on sur toutes les ruines que l'armée semait sur son passage. Après avoir vécu dans ces contrées, à la façon d'Annibal, les réformés, laissant de côté Carcassonne, qui avait brûlé ses faubourgs pour donner moins de prise à l'ennemi, entrent, sans coup férir, à Montréal. Là, ils sont rejoints par des négociateurs chargés de proposer la paix. On dispute avec courtoisie sur l'objet du message, mais on ne peut s'entendre sur la question de la liberté du culte, et de belles paroles sont envoyées au roi, en échange des siennes. Puis la marche en avant est reprise, l'armée se dirige du côté de Narbonne, tirant vers Montpellier. A Montpellier, Coligny se renforce de douze cents hommes commandés par Baudiné. On marche toujours: de petits sièges, chaque semaine; des escarmouches, chaque jour; quelquefois, des échecs; le plus souvent des succès; mais, en somme, des accroissements: la «pelote de neige» est déjà «devenue grosse comme une maison», au jugement de La Noue. Coligny possède une véritable armée, à l'artillerie près. A Aubenas, on trouve deux canons: cela suffit pour décider que l'armée des princes passera le Rhône. Et, en effet, on le passe, après une épopée de petits combats, de stratagèmes, de chances et de mésaventures que d'Aubigné, dans son style de bataille, décrit en moins de mots qu'il n'y eut d'affaires.
L'armée a parcouru deux cents lieues de pays, trois cents et plus, si l'on compte les circuits de rigueur; elle traverse les montagnes du Forez, comme elle avait escaladé quelques contreforts des Cévennes, et elle arrive à Saint-Étienne. Là, tout parut à la veille d'être perdu: l'amiral fut à la mort. Debout encore une fois, cet homme de fer retrouve toute son énergie. Beaucoup de soldats l'ont quitté: il ramasse quelques détachements qui viennent de parcourir une partie de la Bourgogne, et ordonne la marche vers la Loire. C'est alors que la cour, voyant les réformés près d'entrer au cœur de la France, songe, mais un peu tard, à leur opposer une armée. Le maréchal de Cossé la réunit en toute hâte: dix-sept mille hommes, parmi lesquels quatre mille Suisses, douze cents reîtres et six cents Italiens, forment une barrière vivante à Arnay-le-Duc, à cinq lieues d'Autun; il faut la tourner ou la renverser. L'amiral, qui se défiait d'une action générale, parvint à gagner le passage qu'il convoitait, après une escarmouche brillante, où les princes firent leurs premières armes. L'armée calviniste se présenta sur six lignes: Ludovic de Nassau commandait la première, sous le prince de Navarre; le marquis de Resnel, la deuxième, sous Condé; Coligny menait la troisième; Montgomery, Genlis, François de Briquemaut avaient charge des trois autres; le comte de Mansfeld commandait la cavalerie allemande. Il n'y eut point de mêlée générale, mais une série de combats meurtriers, où le prince de Navarre fit bravement son devoir, comme il aimait à le rappeler lui-même. «Je n'avais retraite, racontait-il, qu'à plus de quarante lieues de là, et je demeurais à la discrétion des paysans. En combattant, aussi je courais risque d'être pris ou tué, parce que je n'avais point de canon et les gens du roi en avaient. A dix pas de moi, fut tué un cavalier d'un coup de coulevrine; mais, recommandant à Dieu le succès de cette journée, il la rendit heureuse et favorable.»
A la suite de ces combats, l'armée du maréchal, troublée plutôt que défaite, laissa l'amiral s'acheminer vers la Charité, où il arriva avec des troupes fatiguées, mais encore en état de soutenir la lutte.
Si cette campagne de Coligny n'eût pas été un épisode de guerre civile, la France l'aurait inscrite avec orgueil au rang de ses glorieux exploits militaires. Elle fut une mémorable leçon pour le prince de Navarre. Vivre au jour le jour, sans cesse sur le qui-vive, souffrir et voir souffrir, manquer de tout, résister à tout, garder partout le sang-froid et la bonne humeur: voilà ce qu'il apprit, et de façon à ne l'oublier jamais. Pendant cette marche terrible, il suivit d'héroïques exemples et sut en donner à son tour. Mêlé à tous les accidents de cette existence nomade, il encourageait les faibles et doublait l'énergie des forts. Parfois on le vit, au milieu des troupes, portant en croupe un soldat blessé ou malade. Il préludait ainsi à sa mission de «vainqueur» et de «père».
Pendant que l'armée des princes poursuivait son odyssée, la guerre avait continué en Saintonge et en Poitou. Avant de quitter Saint-Jean-d'Angély, Catherine de Médicis, inquiète de l'étrange campagne entreprise par Coligny, avait essayé de conclure la paix avec Jeanne d'Albret, à qui elle envoya Castelnau, un des habiles négociateurs de cette époque. La reine de Navarre ne s'humilia point: elle voulait la paix, sans doute, mais une paix dont son parti n'eût pas à souffrir, et qui lui offrît de fortes garanties. Castelnau ne put la gagner, et les négociations tentées à l'armée des princes, pendant sa course à travers les provinces du midi, étaient restées pendantes. Au printemps de 1570, il y eut une reprise des hostilités. Un coup de main des catholiques sur La Rochelle échoua.