L'armée royale comptait plus de vingt mille hommes, tant Français que Suisses, Allemands et reîtres. Le duc d'Anjou, ayant sous ses ordres Tavannes et Sansac, recueillit les troupes de Montpensier et fut bientôt en présence de l'ennemi. Mais, soit qu'il y eût, de part et d'autre, comme un parti pris de temporisation, soit que le duc d'Anjou voulût attendre des renforts qui, en effet, vinrent, plus tard, grossir son armée, l'automne de 1568 se passa en manœuvres et en escarmouches. Dans une de ces rencontres, près de Loudun, Henri eut l'occasion de prouver qu'il avait acquis déjà le sens militaire. Les réformés étaient en force: le prince de Navarre s'étonna qu'on ne marchât point résolûment à l'ennemi. « – Si le duc d'Anjou, dit-il, se croyait assez fort, il ne manquerait pas de nous attaquer. Marchons donc sans délai: la victoire est certaine.» Elle était, du moins, probable, et les deux chefs principaux, Condé et Coligny, auraient pu suivre un plus mauvais conseil. Les rigueurs de l'hiver interrompirent les opérations. Les catholiques s'établirent dans le Poitou septentrional et le Limousin; les calvinistes, dans le Bas-Poitou, l'Angoumois et la Saintonge. La reine de Navarre et son fils passèrent le reste de l'hiver à Niort, d'où partirent les ordres et les messages en vue de la rentrée en campagne. Les deux armées nourrissaient également l'espoir d'être renforcées en temps opportun: les catholiques pressaient l'arrivée de nouvelles troupes, qui ne leur firent pas défaut, et les protestants attendaient avec impatience des renforts du Quercy, qui ne vinrent pas, et les auxiliaires allemands en marche sous les ordres du duc de Deux-Ponts. Ceux-ci arrivèrent trop tard.
Le duc d'Anjou, instruit du demi-désarroi de l'armée calviniste, prit l'offensive, dès les premiers jours du mois de mars 1569. Le 13, par une marche rapide, il arrive dans le voisinage de l'ennemi, qui occupait Cognac, Jarnac et les ponts de la Charente. Le duc jette un pont, pendant la nuit, près de l'abbaye de Bassac, non loin du logis de l'amiral. Coligny, surpris, veut se retirer; le désordre se met dans ses troupes, elles combattent en fuyant; l'arrière-garde est enveloppée; La Noue tombe au pouvoir de l'armée royale, et le prince de Condé, en chargeant les reîtres, la jambe cassée d'un coup de pied de cheval, est tué par Montesquiou, capitaine des gardes du duc d'Anjou, au moment où il venait de rendre son épée à deux gentilshommes catholiques.
Sans la mort de ce chef intrépide, la défaite de Jarnac n'eût été qu'un simple échec pour les protestants: leur infanterie était intacte, et elle se mit, en grande partie, à l'abri derrière les hautes murailles de Cognac. Mais en perdant Condé, les calvinistes perdaient plus qu'une armée: outre le courage et l'esprit de décision, il avait mis au service de la cause un vrai talent de généralissime, que rehaussait encore sa qualité de prince du sang. «En hardiesse, dit François de La Noue dans ses Mémoires, aucun de son siècle ne l'a surpassé, ni en courtoisie. Il parlait fort disertement, plus de nature que d'art, était libéral et très affable à toutes personnes; et avec cela excellent chef de guerre, néanmoins amateur de paix. Il se portait encore mieux en adversité qu'en prospérité.» Condé laissait un vide où menaçaient de s'engloutir les espérances du parti, malgré les mérites reconnus de l'amiral. Jeanne d'Albret et son fils firent bientôt oublier ce moment de défaillance.
A la nouvelle de la défaite de Jarnac, la reine de Navarre quitte La Rochelle. Comme elle avait «un grand cœur et un esprit mâle», dit de Thou, elle ne s'arrêta point à déplorer ce malheur. Elle court à Tonnay-Charente, où s'était rassemblée une partie de l'armée rompue. Elle parle en reine affligée, mais en héroïne indomptable; elle offre sa vie, celle de son fils; elle provoque le serment des résistances suprêmes. De longues acclamations accueillent ses paroles. Henri parle à son tour: « – Votre cause est la mienne; vos intérêts sont les miens. Je jure, sur mon âme, honneur et vie, d'être à jamais tout à vous.» Le fils de Condé s'associe à ce serment, que les chefs et l'armée prêtent à leur tour. Henri sera généralissime avec Condé pour lieutenant et Coligny pour lieutenant-général. Jeanne réunit les chefs. L'argent manque: elle donne tout ce qu'elle a; on l'imite; les pierreries, les bijoux seront mis en gage en Angleterre. Mais cela sauvegarde seulement le présent, il faut songer à l'avenir: on battra monnaie par la vente des biens ecclésiastiques dans les provinces conquises. C'est la guerre à outrance. Pauvre pays! que d'épreuves lui sont réservées! On aime à voir, du moins, le prince de Navarre, à peine revêtu d'un titre officiel à l'armée, s'occuper de venir en aide à quelques victimes de la guerre. Le 18 mars, il écrit au duc d'Anjou pour recommander à sa bienveillance les prisonniers calvinistes et lui offrir ses bons offices pour les prisonniers catholiques. «Nous avons en nos mains quelques prisonniers des vôtres, comme aussi vous en avez bien des nôtres; s'il vous plaît trouver bon de les mettre à rançon ou d'en faire échange, nous y entendrons volontiers, et vous plaira m'en mander votre volonté.»
Pendant que les calvinistes se relevaient en Saintonge, ils étaient écrasés dans la Navarre, surtout en Béarn. Antoine de Lomagne-Terrides, à la tête des catholiques, et avec l'agrément de Charles IX, avait conquis rapidement le pays. Il n'eut bientôt plus devant lui d'autre obstacle que Navarrenx, qui résista héroïquement. Pour recouvrer le Béarn, Jeanne comptait sur l'armée des quatre vicomtes, Gourdon, Paulin, Montclar et Bruniquel, qui opérait dans le Quercy et le Haut-Languedoc, et sur l'appui des auxiliaires allemands, que Coligny attendait aussi pour prendre l'offensive. Ceux-ci arrivèrent enfin. Après avoir traversé la France, presque sans coup férir, grâce à la mésintelligence des deux armées chargées de les arrêter, l'une commandée par Montpensier, l'autre par le duc d'Aumale, les reîtres passèrent la Loire à la Charité, et Coligny marcha à leur rencontre; mais leur chef, le duc de Deux-Ponts, mourut, le 11 juin, à Nexon, petite ville à trois lieues de Limoges.
Jeanne d'Albret se rendit à Chalus, au-devant des renforts allemands, dont le comte de Mansfeld avait pris le commandement. Elle distribua aux principaux chefs, en signe d'alliance, des médailles d'or, frappées à La Rochelle, suspendues à des chaînes de même métal. On voyait, d'un côté, son portrait et celui du prince de Navarre; de l'autre, cette inscription: Pax certa, victoria integra, mors honesta. Elle venait de recevoir d'Elisabeth les secours accordés sur la garantie de ses joyaux, et elle en avait fait passer sur-le-champ une partie à l'armée des vicomtes, avec ordre de se tenir prêts à entrer dans le Béarn; mais ces chefs n'étant pas suffisamment d'accord, elle fit appel au comte de Montgomery, le meurtrier involontaire de Henri II. Après avoir conféré avec la reine et ses conseillers habituels, il accepta la périlleuse mission qui lui était offerte, et se mit presque seul en route pour cette campagne à travers le royaume de Navarre, merveilleuse de vigueur et de rapidité, mais odieuse par les excès auxquels se livrèrent les troupes calvinistes. Navarrenx est délivré; Orthez, emporté d'assaut, est saccagé et noyé dans son sang. Le 23 août 1569, Montgomery fait son entrée à Pau, où il se déshonore et marque d'avance d'une tache de sang la mémoire de Jeanne d'Albret, en faisant massacrer, le lendemain, les chefs catholiques, que la capitulation du château d'Orthez mettait formellement à l'abri de tout acte de rigueur.
A peine Jeanne d'Albret avait-elle sujet de se féliciter des succès de Montgomery, que le désastre de Moncontour vint menacer d'une ruine absolue et sa couronne et le parti calviniste tout entier.
Quoique l'armée royale, qui avait beaucoup souffert, et que la reine-mère était venue encourager par sa présence, se fût grossie de quelques corps allemands, italiens et espagnols, les conseillers du duc d'Anjou le dissuadèrent longtemps de chercher la bataille: ses trente mille hommes de diverses nationalités ne semblaient pas de force à venir aisément à bout des vingt-cinq mille hommes de Coligny, pliés à une sévère discipline par cet habile capitaine. Les deux partis s'observèrent longtemps dans le Limousin. Enfin, les huguenots, plus portés que leurs adversaires à en venir aux mains, engagèrent, le 23 juin, à La Roche-Abeille, près de Saint-Yrieix, une affaire d'avant-garde qui tourna à leur avantage: plus de quatre cents catholiques restèrent sur le terrain. La présence du prince de Navarre à cette sanglante escarmouche ne put empêcher les calvinistes, irrités des nouvelles du massacre de quelques chefs béarnais par les troupes de Terrides, de faire main basse sur la plupart des prisonniers. Ce fut, dit-on, à la suite de cette affaire que des catholiques firent tracer les vers suivants au bas d'un de ses portraits:
Dessille