Peagi suruti Saksa üksused siiski tagasi Koiva–Väike-Emajõe liinile ehk kaitseliinile „Walk”. Siin võtsid taanduvad Saksa üksused, millele lisandusid Omakaitse Pärnumaa ja Valgamaa malevate lahingupataljonid, sisse kindla kaitseliini ning lõid tagasi vastase katsed ületada Väike-Emajõge.
98. laskurdiviisi 4. laskurpolgul õnnestus 27. augustil 1944 siis ki Pikasilla juures forsseerida Väike-Emajõgi ning luua jõe lähedal paikneva teeristi ümber sillapea.Järgnevatel päevadel tõi Punaarmee juhtkond juurde lisajõude ning üritas sillapead laiendada. Puhkesid verised lahingud, milles mõlemad pooled kandsid raskeid kaotusi, kuid sillapea jäi laiendamata. Olulist osa nendes võitlustes etendas 20. Eesti SS-Diviisi tankitõrjedivisjoni patarei, mis paisati reservist riivistama Pikasilla läbimurret.
Väike-Emajõe lahingutes võitles eestlasi ka Saksa üksuste koosseisus.
12. Luftwaffe välidiviis asus kaitsele Roobel Eesti Vabariigi eelviimase siseministri Richard Veermaa venna talu piirkonnas. Karl Sirel on tollaseid lahinguid meenutanud järgmiselt: „Ühel hommikul pärast sööki algas turmtuli. Meil kästi olla valmis väljaastumiseks. Ei läinudki kaua, kui tuli korraldus asuda kaevikutesse. Venelaste ahelikud lähenesid Emajõe poolt. Mul oli sel ajal üks vene kone. Selle vahetasin kaevikus veel ühe allohvitseriga saksa kümnelasulise vastu, aga seda ei saanud õieti proovidagi, kui tuli teade, et venelased on kaevikutes sees. Läksime neid sealt välja ajama. Alustasime kaevikute rullimist. Järgmisesse kaevikulõiku heidetakse käsigranaate ja seejärel tulistatakse kaevikulõik püstolkuulipildujaga läbi. Nüüd minnakse sellesse puhastatud lõiku ja heidetakse jälle granaate. Granaate heideti ka vastu, kuid seekord kukkusid nad kaeviku kaldale ja erilist tüli ei teinud. Olin kohe ülema järel järgmine mees ja kui ta hakkas oma magasini vahetama, tuli mul olla esimeseks. Läksin tükk maad edasi ja siis oli järsku selline tunne, nagu keegi oleks haaranud õlast. Kohe olid jaokaaslased kaevikunurga tagant väljas. Pöörasin oma selja nende poole ja laususin, et sain vist pihta.” Lahingud Väike-Emajõel jätkusid nädalapäevad, kuid Punaarmeel Saksa üksuste kaitset murda ei õnnestunud.
Sõda polnud tegelikult aga lõppenud ka Punaarmee tagalas. Läände taanduvatest Saksa üksustest oli lahkunud arvukalt eesti sõdureid, kes rinnet endast üle lastes olid nüüd tagasi kodukohtadesse liikumas. Kuigi Saksa väes ei soovinud need mehed võidelda, polnud nende võitlusvaim sugugi murtud. Evald Loosaar on selliste meeste meeleolusid kirjeldanud järgmiselt: „Peagi kerkis põrandas luuk ja kaks meest ronisid sealt välja. Mõlemad olid noored mehed, saksa automaadid käes ja erariides. Tervitasime ja peagi sigines meil jutt. Nagu jutust selgus, olid mehed Narva rindelt ära putkanud juba kaks nädalat tagasi, siis kui Narva venelaste kätte langes. Meeste arvamine oli, et pole mingit mõtet sõdida, niikuinii on sakslane juba sõja kaotanud. Narva rindel olid eestlaste kaotused küllaltki suured ja pole midagi teha, sest venelasi me ei suuda peatada Eestisse tungimast, kuna jõude on vähe. Tulgu või saagu, mis saab. Algul tuleb end varjata, metsavenda ja partisani mängida, sala kommude vastu võidelda, kuni olukord väljastpoolt tuleva abi tõttu paraneb. Avalikult rindel sõdides me enam midagi ei saavuta ega võida, kuid partisanisõjas saame kommudele rohkem kahju teha kui avalikkuses võitluses. Sõda lõppeb varsti ja Ameerika Ühendriigid, Inglismaa ei jäta meid venelaste ja kommunistide küüsi, nad tulevad meile appi. Meil on tarvis senini vastu pidada ega ennast mitte lasta NKVD-l vangistada või vene armeesse mobiliseerida.”
Nii pole imestada, et juba 1944. aasta augustis Võrumaa metsades punaväelaste ja eesti metsavendade vahel kokkupõrked algasid. 30. augustil 1944 leidsid NKVD 220. piirivalvepolgu 2. pataljoni sõdurid metsa kammides Luhasoo lähedalt Simmeri heinaküünist vennad Simu ja Artur Pihlapuu. Аrtur oli erariides ja relvastatud nagaaniga, Simu Eesti sõjaväe vormis ning varustatud saksa automaadiga. Sõdurid avastasid heinaküünist esialgu vaid Arturi ning viisid ta endaga kaasa, pöördudes aga peagi küüni tagasi. Selleks ajaks oli end heintesse peitnud Simu jõudnud automaadi seljakotist kätte saada. Edasist on Simu Pihlapuu meenutanud järgmiselt: „Aega oli kulunud mõni minut. Järsku kuulen, venekeelne jutt ligineb, on juba üsna küüni juures. Kargasin seljakoti juurde ja tõmbasin selle suu lahti. Õnneks oli koti nöör jooksvas sõlmes, ja nii sain avada koti väga ruttu. Kotist tõmbasin konepüstoli välja, surusin kasseti alla – venelased olid juba küüni nurga juures – juba ilmusidki – vinnastasin kone, käib plõksatus, venelased vaatavad samal hetkel minu poole, kui juba samas surun päästikule – ta-ta-ta-ta! Vägev valang, vist ainult 7-8 padrunit, veel vägevamalt karjusid venelased. Kõik sündis silmapilgu jooksul. Venelased karjuvad, nagu ma pole veel elus inimest kuulnud karjuvat, pööreldes ise ringi. Paari sekundi pärast kukkus üks otse kummuli, jäädes liikumatult lebama; teisel oli parem käsi vastu suud ja alumine näopool ning käsi nõretasid verest. Mees vajus põlvili – konepüstol langes tema õlalt – vaadates ise minule üksisilmi otsa, vaikselt. Oma konet laskevalmis hoides, kargasin juurde, võtsin venelase kone „sõjasaagiks” ja kargasin võssa, Paltsepa talu suunas.” Tekkinud segadust kasutades üritas põgeneda ka Artur Pihlapuu, kuid see tal ei õnnestunud. Kokkupõrkes tappis Simu Pihlapuu ühe sõduri ja haavas raskelt teist. Artur Pihlapuu arreteeriti ning mõisteti kümneks aastaks sunnitööle, Simu Pihlapuust sai aga Võrumaa üks tuntumaid metsavendi.
Punaarmee edasitungi ei suutnud sellised vahejuhtumid loomulikult pidurdada. 1944. aasta augusti teise poole alguseks olid lahingud Tartu piirkonnas jõudnud murdepunkti. Võrumaalt tungisid üle Põlva edasi 67. armee parema tiiva väeosad, taan duma sunniti Saksa üksused ka Võhandu joonel. Edu ei tulnud Punaarmeele aga kergelt. Kiiruga mobiliseeritud Omakaitse lahinguüksused osutasid Punaarmeele kangekaelset vastupanu. Lühikese lahingu järel löödi nad tavaliselt kiiresti laiali, kuid antud hetkel oli igal võidetud tunnil kulla kaal.
Saksa üksuste olukord oli väga raske. Enamik Marienburgi liinil kaitsel olnud väeosadest ei taandunud mitte põhja, Tartu suunas, vaid läände, Väike-Emajõe poole. See avas Punaarmeele tee Tartu peale. Ainsaks siin kaitset organiseerivaks üksuseks oli 207. julgestusdiviis, mille elavjõust suurema osa moodustasid 1. ja 5. eesti piirikaitserügemendid.
Eesti piirikaitserügemendid Lõuna-Eesti kaitselahingutes
18. armee üksuste läände taandumise järel jäi Punaarmee teed Tartu peale tõkestama vaid 207. julgestusdiviis, mille formeerimine algas 207. jalaväediviisina 1939. aastal Stargardis. 207. jalaväediviis osales Poola kampaanias 1939. aastal ning sõjakäigus Prantsusmaa ja Hollandi vastu. Seal anti 207. jalaväediviisile Hitleri poolt käsk seada Doorni lossi juures üles auvahtkond seal paguluses elanud keiser Wilhelm IIle. 1940. aasta sügisel formeeriti diviis ümber julgestusdiviisiks. Enne sõda Nõukogude Liidu vastu formeeriti üheksa julgestusdiviisi, iga väegrupi jaoks kolm. Julgestusdiviisid olid ette nähtud väegruppide tagalapiirkondade ülemjuhatajate alluvusse tagala julgestamiseks, tee-de, raudteede ja sõjaliste objektide kaitseks, sõjavangide valve korraldamiseks jne. Kuid neile allutati ka väli- ja asulakomandantuurid, mis sõjaväeliste ülesannete kõrval täitsid tsiviilvõimu funktsioone kohtadel kuni territooriumi andmiseni okupatsiooni-tsiviilvalitsuse alla.
1941. aastal allutati 207. julgestusdiviis väegrupile „Nord”, mis kasutas seda algul rannakaitses, seejärel tagala julgestamisel ning võitluses parti sanide vastu. Pärast Eesti andmist Saksa tsiviilvalitsuse alla 5. detsembril 1941 jäi Eesti ala erinevalt teistest tsiviilvalitsuse alla antud aladest sõjaväe operatsioonipiirkonnaks ja sõjaväevõimu Eesti alal teostas väegrupi „Nord” tagala ülemjuhataja, kelle peakorter asus Võrus. Tema alluvuses tegutses Eestis kogu Saksa okupatsiooni aja 207. julgestusdiviis, mille staap asus Tartus. 1944. aasta veebruari algusest alates vastutas 207. julgestusdiviis Lõuna-Eesti julgeoleku eest, koosnedes ise küll ainult staabist, staabikompaniist ja 94. julgestusrügemendist. Küll aga olid tema alluvusse antud julgestusdiviisi vastutusalale jäävad eesti üksused. Ka oli julgestusdiviisile antud õigus võtta vajaduse korral oma alluvusse vastutusalast läbi liikuvaid Saksa üksusi, mida 207. julgestusdiviis 1944. aasta veebruaris ka tegi, purustades Tartus rongilt maha võetud 20. Eesti SS-Diviisi ja 11. Ida-Preisi jalaväediviisi üksuste