Судьба Египетской экспедиции висела на волоске, но счастье опять улыбнулось Бонапарту. Не сдерживаемый транспортами, Нельсон продвигался быстрее французов, но отсутствие фрегатов у англичан ограничивало их разведку. Г. Нельсон взял курс прямо на Александрию, а французы приблизились к острову Кандия. В результате Г. Нельсон 24 июня обогнал французов, и хотя в продолжение целых суток был в расстоянии 26 миль, он их не увидел. 28 июня английский флот подошел к Александрии, но рейд оказался пуст. Нельсон пожалел, что ушел так далеко на восток. Ему представилось, что именно теперь французы ведут операцию по занятию Сицилии, порученной его охране. Не отдыхая ни минуты, английский адмирал решил вернуться, но теперь ему пришлось лавировать, и первый же галс увел его далеко от берегов Египта в направлении противоположном тому, с которого приближались французы. Нельсон возвратился к Сицилии, где получил известие о высадке французов в Египте. Английская эскадра вновь берет курс на Александрию.
Французам удалось перебросить морем большую массу войск в условиях господства противника на море.
Французам необходимо было сохранить флот на все время пребывания армии в Египте, иначе она оказывалась отрезанной. Бонапарт дал правильную директиву Ф.П. де Брюэсу – выбрать стоянку, обеспеченную от нападения. Предлагалось ввести флот во внутреннюю гавань Александрии, а если это окажется невозможным, то укрыться в Корфу.
Но французский адмирал не спешил выполнить указание командующего экспедицией генерала Бонапарта о переводе кораблей в безопасные порты Александрии или Корфу, под защиту батарей, и не организовал разведки и охранения. Эскадра Ф.П. де Брюэса перешла в залив Абукир в 13 милях к востоку от Александрии. Залив представлял собою открытый рейд, простиравшийся от Абукирского мыса до устья Розеттского рукава Нила.
Английская эскадра (14 линейных кораблей) под командованием контр-адмирала Г. Нельсона 1 августа подошла к Александрии и, не обнаружив в порту французских кораблей, повернула на восток и пошла вдоль берега. В заливе Абукир была обнаружена эскадра Ф.П. де Брюэса. После двухмесячной бесплодной погони по всему Средиземному морю англичане наконец увидели французский флот. В 16 часов эскадра Г. Нельсона подошла к бухте. Стремясь создать превосходство в силах, Г. Нельсон решил атаковать сначала всеми своими кораблями авангард и центр французской эскадры, разгромить их, а затем сосредоточить все силы против арьергарда противника. Абукирское сражение (битва у Нила) началось около 19 часов и продолжалось до утра 2 августа,