Австрийская династия проявляла в целом достаточную терпимость по отношению к утраквистскому большинству, не делая попыток запретить утраквистскую церковь или ограничить возможности вероисповедания, а лишь стараясь поставить под контроль формирование консистории подобоев и управление организацией. Открытое вмешательство короля в деятельность консистории вызывало озабоченность у узкого круга наиболее знатных представителей утраквистской шляхты, рассматривающих автономную церковную организацию как один из элементов собственной независимости, однако, как показали события 1562 и 1575 гг., это не являлось настолько принципиальным вопросом, чтобы обострять отношения с королем. Большинство же верующих довольствовались возможностью свободно отправлять богослужения. Но нежелание Габсбургов предоставить гарантии Аугсбургского мира всем протестантским течениям в Чехии обостряло проблему религиозных свобод по мере распространения Реформации.
Неудачная с точки зрения правового регулирования попытка чешских протестантов в 1575 г. пересмотреть основные правила, определяющие межконфессиональные отношения в Чешском королевстве, сыграла большую роль во внутриполитическом развитии страны в последующие несколько десятилетий. Формулирование «Исповедания веры», положения которого так и не стали законом, означало создание программы, вокруг которой формировалась наиболее активная часть оппозиции централизации и религиозной унификации, проводимой Габсбургами. Необходимо обратить внимание на то, что даже устное обещание Максимилиана II соблюдать Чешскую конфессию имело для представителей сословной общины большое значение и позволяло в дальнейшем апеллировать к прозвучавшим из уст короля словам как к гарантии решения вопроса в ближайшем будущем.
Отношения между Габсбургами и их чешскими подданными, сложившиеся к середине 70-х гг. XVI в., были для обеих сторон лишь временным компромиссом. Он держался во многом благодаря отсутствию в обществе сплоченной оппозиции. Несомненно, большую роль в обеспечении внутренней стабильности сыграли в целом реалистичная и при этом при необходимости решительная внутренняя политика австрийской династии, использующей слабости сословного общества, а также личный авторитет Фердинанда I и Максимилиана II как гарантов мирного сосуществования католиков и протестантов в империи. Вместе с тем, количественный рост и укрепление влияния на общество приверженцев радикальных течений в протестантизме, нуждающихся в легитимации, дающей гарантии неприкосновенности собственности и возможности карьеры в земских учреждениях, таили в себе большую угрозу. В этих условиях ослабление власти из-за внутридинастических распрей, неудач во внешней политике или радикальных и не подкрепленных реальной силой шагов во внутренней могло привести к перерастанию скрытого недовольства в открытую борьбу.