В результате в конце XVI века вмешательство Рудольфа II в решение кадровых вопросов в чешских органах исполнительной власти стало особенно сильным. В 1599 г. верховным канцлером Чешского королевства стал последовательный приверженец политики централизации Зденек Попел из Лобковиц, верховным гофмистром – Кршиштоф Лобковиц, близкий к Спинелли, дворским судьей – Вольф Новоградский из Коловрат46. Вацлав Берка из Дубе перешел на должность верховного коморника, а Адам из Штернберка – земского судьи. Кршиштоф Желинский, у которого была личная вражда с верховным канцлером, в том же году подал в отставку, и на его место был назначен воспитанник иезуитов Индржих из Писнице.
В число наместников императора в Богемии вошли Вилем Слава-та и Ярослав Боржита из Мартиниц, поддерживающие абсолютистские устремления Габсбургов и Контрреформацию. Вилем Славата из Хлума и Кошумберка (1572–1652 гг.) был родом из небогатой семьи, члены которой принадлежали к Общине чешских братьев. Однако в последние годы XVI в. он изменил свои религиозные убеждения, став ревностным католиком. Переход в католичество открыл перед Славатой широкие возможности для обогащения и карьеры. Он выгодно женился на наследнице панов из Градца – одной из богатейших чешских фамилий, и вошел в немногочисленный круг доверенных лиц императора из чешского дворянства. Мартиниц (или Смечанский, как его иногда именовали по названию одного из поместий) был воспитанником иезуитов. Еще совсем молодым человеком (в 1600 г. ему было всего 18 лет) Мартиниц прославился преследованиями протестантов на территории своих поместий, за что Рудольф II в 1602 г. выразил ему благодарность в письменной форме. Это не осталось тайной для протестантской общины, которая с тех пор стала рассматривать Мартиница как заклятого врага.
В Моравии в 1598 г. умершего земского гетмана Фридриха из Жеротина сменил ставленник Рудольфа II католик Ладислав Берка, а Оломоуцким епископом в 1599 г. был назначен ставленник Спинелли Франц из Дитрихштейна.
В русле этой кадровой политики было составлено специальное руководство для подкоморжиго чешской канцелярии под руководством пражского архиепископа Зденека Берки, венского епископа Мельхиора Клесля и верховного канцлера королевства Зденека Войтеха из Лобковиц. В документе обосновывалась необходимость препятствовать замещению вакантных должностей в земских учреждениях людьми, не принадлежащими к католикам или утраквистам, освященным епископом47. Пользующийся авторитетом при дворе епископ Клесль также обратился к императору с письмом, в котором особенно настаивал на активизации «Католической Реформации»