Именно в первые годы Пятнадцатилетней войны император мог ощутить себя настоящим монархом, с успехом исполняющим священную обязанность защиты христианских подданных. Победы, достигнутые габсбургскими войсками в боевых действиях, так же как создание лиги вокруг Рудольфа II повышали его авторитет как политика и правителя. Возможно, император надеялся, что удачная война может в какой-то мере сплотить население империи, разобщенное различными религиозными учениями, сгладить противоречия между протестантами и католиками и связать их общей целью. Во всяком случае, он расценивал войну как центральное событие своего правления. Не случайно знаменитые придворные живописецы запечатлели императора на серии триумфальных полотен. Однако эйфория от побед продолжалась недолго. Несмотря на то, что Османская империя была в то время уже не такой сильной, как в правление Сулеймана I Великолепного, турки оказались достойными противниками. Летом 1594 г. Синан-паша овладел крепостью Дъером, в то время как императорские войска потерпели неудачу, пытаясь захватить Эстергом. Правда, на следующий год союзники Габсбургов – трансильванский князь Жигмонд Батори и валашский воевода Михай – нанесли серьезное поражение османам в битве при Джурдже. Но в 1594 г. турецкая армия, руководимая лично султаном Мехмедом III, наголову разгромила основные силы Габсбургов под командованием эрцгерцога Максимилиана, а также трансильванцев в жестоком сражении при Мезекерестеше.
Хотя империя оправилась от этого удара, после Мезекерестеша стало ясно, что война принимает затяжной характер. Палфи еще добился некоторых успехов, в частности, в 1598 г. вернул Дъер. Но получить серьезное преимущество Габсбурги так и не смогли. Отречение Иштвана Батори от трансильванского трона в пользу Рудольфа II в 1598 г., казалось, было для последнего крупной дипломатической победой. На деле же оно лишь глубже втянуло империю в конфликт, не давая больших преимуществ. Наоборот, при утверждении своей власти в этой части Венгрии Габсбурги столкнулись с сопротивлением местного населения. Вина за это во многом лежала на непродуманной политике самих австрийцев. Представитель Габсбургов в Трансильвании генерал Джорджо Баста и его наемники прославились грабежами и гонениями на протестантов,