Наряду с распространением идей немецкой Реформации с конца правления Фердинанда I можно говорить о первых попытках проведения в чешских землях Контрреформации. Это было обусловлено все более активным вмешательством в религиозную и политическую жизнь королевства папской курии. Активности Рима во многом способствовало то, что католической церкви, наконец, удалось оправиться от поражений первых десятилетий протестантской Реформации и выработать новый генеральный курс развития. После Тридентского собора 1545–1563 гг. и принятия нового катехизиса в 1566 г. политика Рима была направлена на реализацию программы Католической Реформы и Контрреформации. Наряду с составлявшими их основу мирными способами укрепления позиций католицизма в областях, подверженных влиянию реформационных учений – основанием школ, миссионерской деятельностью и т. д., папская курия прибегала и к репрессивным мерам. В 1568 г. папа Пий V издал новую буллу против еретиков. Была расширена сфера деятельности инквизиции, работа которой на территории империи активизировалась во многом благодаря поддержке Габсбургов. Также расширилась сфера деятельности основанного в 1534 Игнасием Лойолой иезуитского ордена, который стал главным орудием папства в борьбе за рекатолизацию частично утраченных областей.
Римские папы придавали огромное значение проведению Контрреформации в наследственных землях австрийских Габсбургов. Это касалось и Чешского королевства. При этом в Риме осознавали, что успешная рекатолизация, являвшаяся конечной целью политики папской курии, была невозможна без поддержки со стороны светской власти. Широкая внутренняя независимость протестантских сословий, выражавшаяся, в том числе, в многочисленных религиозных привилегиях, подкрепленных зависимостью