Но к концу правления Фердинанда I ситуация стала меняться. Все более значимую роль во внутренней жизни Чешского королевства стали играть идеи немецкой Реформации. Само по себе ее распространение не привело, в отличие от большинства других государств, к дестабилизации внутренней обстановки в крупнейших землях Чешской короны – Богемии и Моравии, изменениям структуры собственности и крупным политическим конфликтам, поскольку в данном случае отсутствовал основной материальный мотив – возможность секуляризации церковного имущества, уже проведенной в годы гуситской революции. Тем не менее, немецкая Реформация оказывала большое идеологическое влияние на чешских утраквистов, учение которых модернизировалось, в результате чего конфессиональный состав Чехии становился все более пестрым. Приверженцы учения Яна Гуса разделились на так называемых староутраквистов, довольствующихся сложившимся положением в религиозной сфере и тем самым наиболее лояльных к династии после католиков, и неоутраквистов, сблизившихся с немецкими лютеранами и воспринявших ряд положений их учения.
Неоутраквисты заняли лидирующее положение в панском и рыцарском сословиях в Чехии. В частности, в 1575 г. 69 панов (из 90) и 100 рыцарей (из 139) принадлежали к этому протестантскому течению. Неоутраквисты поддерживали контакты с влиятельными протестантскими имперскими князьями, особенно, с герцогами саксонскими, имеющими на них немалое влияние, что стало одним из главных факторов, оказывающих дестабилизирующее воздействие на отношения чешских сословий и австрийских Габсбургов, болезнено воспринимающих наличие прямых контактов своих чешских подданных с вассалами империи на территории Германии.
По мере того как все большее количество немецких княжеств принимало протестантизм, росло количество учебных заведений, в стенах которых можно было изучать учения Лютера, Кальвина и других деятелей Реформации. Это послужило прекрасным стимулом для чешских протестантов, которые уже не довольствовались Пражским университетом и во все большем количестве отправлялись на учебу в Германию. К примеру, если в 1502–1530 гг. в университете (тогда еще католическом) в Виттенберге обучалось всего три студента из Чехии, то в 1571 г. таких студентов в этом учебном заведении, ставшим идеологическим оплотом лютеранства, было уже тридцать семь человек22. В Лейпцигском университете с 1409 по 1675 гг. прошли обучение две тысячи четыреста восемь чешских студентов, причем больше половины из них учились тем в период после принятия лютеранства герцогом Фридрихом Мудрым23.