Одновременно Рахим-хан Мухаммед вел борьбу с главой Афганистана Ахмад-шахом, захватившего в 1750–1752 гг. Балх, Шибирган, Андхой, Кундуз, Меймене, жителями которых были таджики и узбеки.
После смерти Рахим-хана Мухаммеда от Бухарского эмирата отложился правитель Ура-Тюбе и Ходжента, захвативший Джизак, Катта-Курган, Хатырчи, Самарканд[17].
Сохранились данные по 1794 г. о численности населения Бухарского ханства, которое исчислялось в 3 млн. человек.
Верховья Зеравшана и Гиссара входили в Бухарский эмират; Канибадам, Исфара, временами Дарваз и Каратегин – в состав Кокандского ханства.
Население Восточной Бухары и Памира составляло около 400 тыс. человек.
Таджики составляли основное население Денау, Ширабада, Байсуна, Сары-Джуя, южных отрогов Гиссарского хребта (ущелий Ширкендарьи, Каратагдарьи, Ханакадарьи, Варзоба, Семиганча, Лучоба, Кафирнигана), долин Файзабада, Дашти-Будона, горных районов Куляба, Каратегина, Дарваза, Памира.
Таджики и узбеки жили в крупных городах и селениях Ширабад, Байсун, Гузар, Келиф, Регар.
Узбеки разных племен и родов жили в долинах Гиссара, Сурхандарьи, Явана, Кулябя, Вахша и Бешкента. В Сурханской долине селились узбеки рода кунград; в Гиссарской – юзы, марка, барлос, тюрки; в Яванской и Кулябской – карлуки и локайцы; в Сурхане, Кулябе, в низовья Вахша и Кафирнигана – катаганцы.
Киргизы селились в Каратегине, Гиссаре и на Восточном Памире.
В Курган-Тюбинском районе и Восточной Бухаре селились кочевники – туркмены-эрсаринцы, прикочевавшие из Чарджоу и Афганистана.
Повсеместно с таджиками проживали в небольшом количестве евреи, персы, афганцы, арабы, лезгины, армяне, индусы[18].
На престоле Бухарского эмирата сидел престарелый Абулгази-хан, но управлял страной аталык Даниёл-бий. Он под Кермине нанес поражение сепаратистам и освободил захваченные ими города.
Аталык Шах-Мурад низложил Абулгази-хана и стал эмиром Бухарского государства. Он совершил военные походы на Мерв, северо-восточный Хоросан, воевал с Тимур-шахом афганским. Он подчинил себе непокорные Гиссар и Ура-Тюбе, служившие яблоком раздора между Бухарским и Хивинским ханствами.
Кокандское ханство образовалось в первой половине XVIII в. В 1732 г. Абдул-Рахим-бий основал город Коканд. Его преемник Абдул-Карим-бий расширил пределы Кокандского ханства.
В первой половине XIX в. таджики составляли большинство в Канибадаме и Исфаре, входивших в Кокандское ханство. За города Ходжент, Нау и Ура-Тюбе шла борьба Кокандского ханства и Бухарского эмирата. В первой половине XIX в. Ходжент и Ура-Тюбе оставались вассалами Коканда[19].
В 1856 г. бухарскому