Народам Казахстана и Средней Азии предстояли новые битвы за Семиречье с джунгарами (ойратами или калмыками).
Во второй половине XVI в. джунгары начали воевать с казахами. Последние же производили успешные набеги на земли узбеков и, овладев Туркестаном и Ташкентом, даже достигали Самарканда и Бухары в 1598 г.
Джунгары начали вытеснять из Семиречья казахов и киргизов. Туркестан и Ташкент оставались под властью казахов до 1723 г.
Джунгары, продвигаясь на запад, опустошили Хорезм и достигли берегов Волги. В 1655 г. часть джунгар с Галдан-Бошокту-ханом продолжили войны с казахами, киргизами и Ферганой, утвердили свою власть в Семиречье.
Хунтайджи Цеван-Рабтан разбил войско казахов и отнял у них Сайрам, Ташкент, Туркестан в 1723 г., а сын его Галдан-Церен захватил в 1741 г. земли Среднего казахского жуза, население которого частично находилось в российском подданстве.
В 1758 г. джунгары были уничтожены войсками Китайской империи, в общей сложности погибло до миллиона человек.
По сведениям, собранным в 1722–1723 гг. российским посольством капитана И. Унковского к хунтайджи Цеван-Рабтану, в Джунгарии было много пленных бухарцев, построивших городок в устье реки Хоргоса. В плену у джунгар с 1715 до 1733 г. находился швед Иоганн Густав Ренат, который научил их лить пушки, печатать книги и некоторым ремеслам. Возвратившись в Швецию, он составил карту Джунгарии, с указанием ставок кочевников в Джунгарском Алатау и по берегам рек. Все это помогло джунгарам одерживать победы над народами Центральной Азии.
После падения Джунгарского ханства под натиском Цинской империи, казахи и киргизы заняли все Семиречье, считаясь номинально китайскими подданными, но фактически были совершенно независимыми до утверждения в Семиречье российского правления[39].
В 1741–1742 гг. возобновилось наступление джунгар на казахские жузы. Джунгары продвинулись до р. Орь, но, не получив поддержки у волжских калмыков, по требованию русского правительства отошли на свои исконные земли. Казахи Младшего и Среднего жузов сконцентрировались вдоль линий русских укреплений. 5 марта 1741 г. указом Правительствующего Сената было разрешено в период опасности впускать в крепости казахское население в случае нападения джунгар. В 1742 г. для урегулирования отношений в Джунгарию был направлен Г. Ф. Миллер. Поездка оказалась успешной, ему удалось нейтрализовать натиск джунгар на казахские земли в верховьях Черного Иртыша и в районе Колывано-Воскресенских заводов и освободить из плена султана Аблая, заверив джунгарского хунтайджи Галдан-Церена, «чтоб оной