В истории Хивинского ханства были постоянными набеги на Хорасан, откуда приводились рабы, войны с Бухарским ханством и Туркменией.
Хивинскому хану Абулгази (1643–1663), принадлежит известный труд по истории ханства. После прекращения в 1688 г. династии основателей Хивинского ханства, ханы приглашались то из Бухары, то из казахских степей, но они не смогли утвердиться в Хиве.
После недолгого владычества в Хиве персидского шаха Надира (1740–1747), править страной стали советники-инаки.
В начале XIX в. инаку Ильтезеру из рода Куград удалось стать ханом и основателем Кунградской династии. Увод в рабство русских, казахов и каракалпаков – российских подданных – привел Хивинское ханство к столкновению с Россией, а затем и к его завоеванию.
Фергана в XVIII в. сделалась независимой от Бухары, а затем распалась на самостоятельные владения, которые воевали между собой, с Бухарой и джунгарами в 1681–1685 гг. После завоевания китайской империей Джунгарии и Восточного Туркестана (1758–1759), ферганские беки приняли китайское подданство.
Возникновение Кокандского ханства произошло в начале XIX в. Алим-хан (1807–1817) сумел объединить отдельные бекства Ферганы и подчинить себе Ташкент, Чимкент и Ура-Тюбе.
В правление Омар-хана (1817–1822) к Кокандскому ханству был присоединен г. Туркестан, которым владели казахи, и построены укрепления Джулек, Ак-Мечеть на Сырдарье. При Омар-хане начались столкновения Кокандского ханства с Россией.
Хан Мухаммед-Али, сын Омар-хана, распространил свою власть на Памир и припамирские страны (Каратегин, Дарваз, Рошан, Шугнан). Во время народных волнений Мухаммед-Али был убит, а Кокандское ханство временно присоединено к Бухаре в 1842 г. В последующий период Коканд был охвачен непрерывными дворцовыми переворотами, межэтническими столкновениями.
На юге и юго-востоке Мервского оазиса также шло межгосударственное размежевание. Балх (древняя Бактриана) в течение нескольких веков зависел от Мавераннахра. В результате военных походов персидского шаха Надира Балх обособился.
В 1747 г., один из потомков рода Абдали (Дурани), Ахмед-хан сумел объединить восточную часть Персии и явился основателем Афганистана. Территория последнего расширилась в 1850–1863 гг. при афганском хане Дост-Магомете, который завоевал Балх, Андхой, Меймене, Кундуз, Бадахшан и Герат.
При преемниках Ахмед-хана, Ширали-хане и Абдуррахман-хане, после ряда войн с Персией и Англией, а также вследствии столкновения интересов России и Англии в Средней Азии, здесь начали военные действия