В 50-х годах XVIII в. в Джунгарии обострилась династическая борьба между наследниками контайши Галдан-Церена. В 1754 г. один из претендентов на престол, Амурсана, обратился за помощью к цинскому правительству. Это послужило поводом для вторжения китайско-маньчжурских войск на территорию Джунгарии. Ойратское государство было разделено на четыре части. Это послужило причиной борьбы Амурсаны с цинами, в ходе которой было уничтожено Джунгарское ханство и истреблено его население. Небольшая часть ойратов, спасаясь от маньчжуро-китайских военных отрядов, бежала в пределы России[43].
Создалась угроза в 50-х годах XVIII в. и для многочисленных алтайских племен, оказавших вооруженное сопротивление завоевателям. Одновременно они стали ходатайствовать перед российским правительством о принятии их в подданство. Присягу их принимали в укреплениях Южной Сибири и северо-восточного Казахстана[44].
Присоединение Южного Алтая к России было официально проведено 8 июня 1756 г.[45] В состав России вошли земли в верховья Иртыша и при впадении в него рек Ульба, Бухтарма, Нарын, а также верхнее течение рек Бия, Катунь, Чу, Чарыш, Чулышман и Телецкое озеро. Вхождение Южного Алтая в состав России отвечало политическим и экономическим интересам местных племен.
Наступление Цинской империи на северные районы Центральной Азии продолжалось. Под предлогом поимки Амурсаны цинские войска вошли в Казахстан, Казахское ополчение во главе с султаном Аблаем пыталось остановить их, но потерпело поражение[46]. Казахи, ойратские и алтайские беженцы стали сосредоточиваться у Сибирской линии. Русское правительство не имело здесь в этот момент достаточно вооруженных сил, чтобы препятствовать вторжению маньчжур в Казахстан. Но оно предприняло ряд мер. В Сибирь было направлено дополнительно несколько конных полков. 19 ноября 1756 г. русское правительство указом разрешило предоставить беженцам убежище в крепостях и за Сибирской линией. Но в связи с началом антицинского восстания в Монголии, поддержанного тувинцами, цинские войска были выведены из Казахстана[47].
В 1757 г. военные действия вновь разворачиваются на территории Джунгарии и захватывают пограничные районы Казахстана. В этот период идут переговоры султана Аблая с цинским правительством. Но вернуть исконные кочевья в Северной Джунгарии казахам и киргизам не удалось. Цинское правительство запретило использование этих земель и силой оттеснило кочевников от границ Джунгарии.
Разгром Джунгарии открыл цинам путь в Восточный Туркестан (Кашгарию). Попытки цинов утвердиться в Восточном Туркестане встретили в 1757 г. сопротивление уйгурского народа. Местные правители начали борьбу с завоевателями. В результате поражения они вынуждены были бежать в Среднюю Азию, что маньчжуры использовали