Después de un año en el Perú, Penzotti había adiestrado a seis recién convertidos como colportores168, entre ellos Manuel Noriega, José Illescas, Z. Irigoyen, J. Casasola y J. Orellana169. En el año 1889 se visitó por lo menos 110 lugares en el Perú y se vendieron por lo menos siete mil Biblias y Nuevos Testamentos170. Después de regresar al Callao, Penzotti siguió edificando y capacitando a la congregación allí. Al principio, los sacerdotes no se interesaban por lo que estaban haciendo171, convencidos, sin duda de que este esfuerzo se apagaría como los anteriores.
Cuando se percataron de que se trataba de algo diferente, predicaron sermones inflamatorios desde los púlpitos y solicitaron a la municipalidad que cerrara el lugar de reuniones de los protestantes y echara a Penzotti del país. El temor que inspiraron los mansos Penzotti y Arancet se desprende de un dato curioso que se conservó en la revista Llanos y montañas: “Pusieron en venta una imagen impresa en papel, la que decían ser milagrosa. Se vendía con la recomendación de que cuando se les acercara un señor extranjero con una maleta, ofreciendo la Biblia, comprimiera la figura entre los dedos dándole la forma de una píldora y se la tragasen para impedir que el diablo penetrara en el cuerpo”172. El prefecto del Callao asistió a uno de los cultos para formar su propia opinión y quedó tan impresionado que dijo el próximo día a dos curas: “Este hombre predica la verdad y esto es precisamente lo que nos falta”173. Con la condición de que no se contraviniera la ley y que se diera boletos a todos los asistentes como si se tratara de una conferencia privada y que las puertas permanecieran cerradas durante los cultos, se le dio permiso a Penzotti de seguir adelante174.
A principios de 1890 Carlos Drees, superintendente de la Misión Metodista Episcopal de la región del Río Plata, visitó el Callao y organizó la congregación como una Iglesia Metodista oficial con 31 miembros en plena comunión y 95 noveles175. Desgraciadamente la oposición se tornó cada vez más violenta. Se trató de intimidar a los que asistían, y durante uno de los cultos un sacerdote llamado Vidal y Urías le puso un candado a la puerta cerrada. Puesto que no había otra salida, la situación se habría puesto difícil si Manuel Rubio, uno de los miembros, no hubiera llegado muy tarde al culto. Dándose cuenta de lo que había pasado, encontró en su bolsillo una llave que por milagro servía para el candado que había puesto el sacerdote. De esta manera se salvó la situación. Vidal y Urías, quien observaba desde el otro lado de la calle, levantó las manos y exclamó: “Estos herejes tienen la protección del diablo”176. Posteriormente, otro sacerdote llamado José Manuel Castro acusó a Penzotti de violar el artículo 3.° de la Constitución que decía: “Su Religión es la Católica, Apostólica, Romana. La Nación la protege por todos los medios conforme al espíritu del Evangelio; y no permitirá el ejercicio de otra alguna”177. Con base en esta acusación, se arrestó a Penzotti, el viernes 25 de julio de 1890178, y el día siguiente se le metió en un calabozo sucio medio subterráneo que se llamaba Casamatas. Había sido un depósito de pólvora en el tiempo de los españoles y se reservaba ahora para criminales179.
La familia de Penzotti tuvo que sufrir injurias en la calle, y por prudencia mandaron a las dos hijas mayores a Santiago180. Pero la señora de Penzotti no se dejó amedrentar. Y todos los días mandaba comida a la cárcel, aun cuando ya no tenía casi nada en la casa. La comida en el calabozo era tan mala que, de no haberlo hecho, su esposo posiblemente habría muerto181. La esposa de Penzotti recurrió al cónsul italiano, quien le insinuó que se podría hacer algo si Penzotti estuviera dispuesto a salir del país inmediatamente182. Ni Penzotti ni su esposa aceptaron este arreglo, por cuanto equivalía a reconocer tácitamente la ilegalidad del culto protestante en el Perú183. Las autoridades deben haber esperado que el sufrimiento cambiaría la actitud de Penzotti, porque para el 15 de octubre ni siquiera se había presentado su caso ante los tribunales184. La desesperada situación de Penzotti comenzó a despertar el sentimiento liberal. Ciudadanos distinguidos llegaban a la cárcel para que él les explicara la Biblia, y el alcalde del Callao le aseguró que hacía más por su causa en la cárcel de lo que habría podido hacer con diez años de trabajo fuera de ella185.
Por fin, el 29 de noviembre, el juez de primera instancia, doctor Nicomedes Porras, absolvió a Penzotti. El hecho de que hubiera sido posible ponerle candado a la puerta de afuera sin que ninguno de los presentes en el culto se diera cuenta, constituyó una prueba del carácter privado de las reuniones. Sin embargo, el doctor Porras consultó a la Corte Superior. Así salvó su conciencia absolviéndolo y sirvió a su conveniencia no libertándolo186. El 9 de enero de 1891 la Corte Superior confirmó el fallo de Porras absolviendo a Penzotti con cinco a favor y dos en contra. Los opositores apelaron a la Corte Suprema en vísperas del fin del año judicial. La familia de Penzotti sufría de hambre y él se enflaquecía cada vez más. Los liberales se aprovecharon de este escándalo para atacar a los conservadores, y dos mil anticlericales realizaron una manifestación en Lima a favor de la libertad religiosa187. Mientras tanto, un ingeniero cristiano muy conocido en Nueva York, E. E. Olcott, estuvo en el Callao y sacó una fotografía de Penzotti entre rejas y rodeado de los demás presos. Esta fotografía luego fue publicada por The New York Herald y otros periódicos de los Estados Unidos188. Se produjo un movimiento poderoso de opinión pública. Ya no se juzgaba sólo a Penzotti en los tribunales del Perú, sino que también se juzgaba al mismo Perú en todo el mundo civilizado189. Después de dos esfuerzos infructuosos de arreglar el caso, la Corte Suprema terminó por absolver a Penzotti, y el sábado de la Pascua, el 28 de marzo de 1891 a las cinco de la tarde, fue puesto en libertad y conducido a su casa en procesión jubilosa después de ocho meses de prisión190.