Вероятно, высокое служебное и партийное «рвение» А.Е. Щаденко не осталось без внимания руководства страны. 23 ноября 1937 года он был назначен на должность заместителя народного комиссара обороны СССР и начальника Управления по командному и начальствующему составу РККА. Это был самый «расцвет» репрессий в РККА. В период 1937–1940 годов сменились все командующие военными округами, на 90 % были заменены их заместители (начальники штабов), помощники начальников штабов, начальники родов войск и служб, на 80 % – руководящий состав корпусных и дивизионных управлений, на 90 % – командиры и начальники штаба полков. Кадровые перестановки продолжались вплоть до самого начала Великой Отечественной войны. Только в течение двух дней – 7 и 8 марта 1941 года – произошло выдвижение на новые должности четырех командующих армиями, 42 командиров корпусов, 117 командиров дивизий.
Казалось бы, как руководитель управления кадров РККА А.Е. Щаденко получает огромную возможность для развертывания работы по «выкорчевыванию врагов» из числа начальствующего состава РККА. Он ведет эту работу. Но в то же время происходит и обратное – Щаденко начинает активно заниматься реабилитацией ранее уволенных и осужденных.
По его инициативе в августе 1938 года была создана комиссия для разбора жалоб уволенных командиров, которая проверяла материалы уволенных путем личного вызова их, выезда на места работников управления, запросов парторганизаций, отдельных коммунистов и командиров, знающих уволенных, а также через органы НКВД. Благодаря ее работе уже в последние месяцы 1938 года в РККА были восстановлены 762 офицера.
В сентябре 1938 года А.Е. Щаденко обратился с письмом к наркому обороны, в котором писал, что необходимо запретить военсоветам самостоятельно увольнять офицеров без его санкции или санкции его заместителя. Кроме того он предлагал и на местах создать комиссии для пересмотра дел уволенных офицеров. К сожалению, тогда этой инициативе не был дан ход. Но октябре 1938 года Щаденко вновь поставил эти вопросы перед Ворошиловым и добился положительного их решения.
О двойственном характере работы А.Е. Щаденко свидетельствует его выступление на ноябрьском 1938 года пленуме Военного совета. Тогда он докладывал: «Управлением по командному и начальствующему составу РККА за этот год была проведена огромная работа… Наши ошибки:
1. Мы не очистились еще от того, от кого надо очиститься. Враги и прихвостни врагов народа еще кое-где остались и делают свое грязное дело.
2. Слепо доверяли справкам и механически, непроверенно увольняли людей… Надо считать, в округах около 50 % уволено без оснований».
Всего в 1938 и 1940 годах было рассмотрено более 30 тысяч жалоб, ходатайств и заявлений по поводу увольнений и осуждений командиров РККА. В результате проведенной проверки из этого числа было восстановлено в рядах РККА 12 635 человек начальствующего состава, в том числе 1457 из числа арестованных.
Таким образом, в должности заместителя наркома