28 и 31 мая принимаются Постановления СНК о строительстве самолетов МиГ-3 и ЛаГГ-3. Были определены программа выпуска и сроки доработки недостатков заводам-производителям.
4 июня принимается Постановление СНК «Об укрепленных районах». В нем было предписано сформировать новые управления и 110 батальонов для 13 укрепленных районов, а также другие части.
16 июня принимается еще одно Постановление СНК «Об ускорении приведения укрепленных районов западных военных округов в боевую готовность, о дополнительных поставках на их вооружение орудий и пулеметов».
Безусловно, данной работой занимался не один С.К. Тимошенко – по каждому направлению у него были ответственные помощники. Первым заместителем наркома обороны СССР был начальник Генерального штаба РККА генерал армии Г.К. Жуков, заместителем по боевой подготовке – генерал армии К.А. Мерецков, заместителем по укрепленным районам – Маршал Советского Союза Б.М. Шапошников.
В марте 1941 года начальник Главного политического управления РККА А.И. Запорожец был повышен в ранге до заместителя наркома обороны СССР. Однако по характеру своей деятельности он подчинялся не столько С.К. Тимошенко, сколько заведующему Управлением агитпропаганды ЦК ВКП(б) и члену Политбюро ЦК ВКП(б) А.А. Жданову. На этом основании он постоянно писал и направлял докладные в ЦК, нередко даже не извещая об этом своего непосредственного начальника.
19 июня 1941 года, после освобождения от должности начальника Главного артиллерийского управления РККА, в ранг заместителя наркома обороны был возведен Маршал Советского Союза Г.И. Кулик.
По состоянию на 22 июня 1941 года в составе НКО было 6 главных управлений, 12 управлений и 7 инспекций.
Главными управлениями являлись: политической пропаганды, Военно-воздушных сил (генерал-лейтенант авиации П.В. Рычагов, с 12.04 – генерал-лейтенант авиации П.Ф. Жигарев), артиллерийское (генерал-лейтенант артиллерии Н.Д. Яковлев), автобронетанковое (генерал-лейтенант танковых войск Я.Н. Федоренко), военно-инженерное (генерал-майор инженерных войск Л.З. Котляр) и интендантское (генерал-лейтенант интендантской службы А.В. Хрулев). Управлениями были: боевой подготовки, противовоздушной обороны, связи, военно-химической защиты, снабжения горючим, высших военно-учебных заведений, военно-учебных заведений, кадров, санитарное, ветеринарное и управление делами при народном комиссаре обороны. Для проверки состояния родов войск были созданы инспекции: пехоты, кавалерии, артиллерии, автобронетанковых войск, Военно-воздушных сил, инженерных войск и связи.
22 ноября 1934 года создавался самостоятельный центральный орган – Управление по начальствующему составу РККА, подчинявшееся непосредственно наркому обороны. Его начальником назначается армейский комиссар 1-го ранга Е.А. Щаденко, который в конце Гражданской войны был членом Реввоенсовета 1-й Конной армии, близкий друг и соратник С.М. Буденного и К.Е. Ворошилова.
В