21 июня 1900 года «Заря» покинула Санкт-Петербург. Проводы были почти торжественные. В основном, правда, это были родные и близкие участников экспедиции. Александр распрощался с пришедшими Василием Ивановичем, Соней, Катей и племянниками. Немало было представителей морской и научной общественности. Среди них вице-адмирал С. О. Макаров, полковник А. Н. Крылов, капитан А. К. Цвингман. Разговор шел больше всего о задачах этой полярной экспедиции, ставшей важным научным событием начала нового века. Так как главная ее цель была изучение условий мореплавания по Северному морскому пути, а также поиск «Земли Санникова», то вспомнили еще раз и о посещении бароном Э. В. Толлем острова Котельный в 1885–1886 годах, откуда он впервые увидел контуры четырех гор, и самого промышленника Я. Санникова, заметившего эту загадочную землю еще в 1811 году.
В Кронштадтском порту экспедиция встретила полное содействие и гостеприимный прием у адмирала С. О. Макарова, который в день выхода из Кронштадта лично с супругой провожал ее до выхода за бочки Большого рейда. На пути Н. Н. Оглоблинский докончил уничтожение девиации экипажных компасов, простился с командой и на катере отвалил от борта. К вечеру «Заря» прошла мимо Голландского маяка, а к утру случилось повреждение питательного клапана котла. Пришлось прекратить пары и вступить под паруса. Ветер был очень слабый, остовый, и лишь через сутки «Заря» отдала якорь на Ревельском рейде, где стоял в это время артиллерийский отряд. Барон Толль и В. И. Бианки, провожавший команду до Ревеля, съехали с «Зари». Один за другим появлялись и исчезали знакомые Александру еще с первых кадетских плаваний мысы и маяки: Суроп, Пакеротр, Тахкона, Дагерорт. Копенгаген прошли не останавливаясь. На другой день в Каттегате встретили свежий северный ветер и небольшое волнение. При слабой машине «Зари» яхта еле продвигалась вперед, паруса помогали мало.
Яхта «Заря» на зимовке.
Не желая терять времени, Н. Н. Коломейцев изменил курс и лег на Фридрихсгавн – небольшой датский порт на северном берегу Ютландии, за мысами которого и стали рано утром. Здесь запаслись свежей провизией, немного отдохнули. Ветер тем временем стих. После полдня «Заря» уже шла вдоль берега Ютландии, под вечер вышли в Скагеррак и пошли к норвежскому берегу. Как вспоминал в своем отчете Александр, режим у команды был следующий: стояли на три вахты, причем Коломейцев стоял вахты с четырех до восьми утра и четыре часа днем, остальное время Матисен и Колчак сменяли друг друга. Завтракали в 12 часов, в 3 часа дня пили чай и в 6 часов вечера обедали. Свободное от вахты время уходило на всякие необходимые дела – разборку, укладку инструментов и другие подготовительные работы. Где можно, несли паруса, хотя погода мало благоприятствовала парусному плаванию. Было большею частью тихо или же маловетрие от противных курсам румбов. Держались, чтобы иметь больше свободы для парусов, вдали от берегов, посетив в ходе перехода