Эдуард Васильевич Толль предложил Колчаку взять на себя часть научных работ: гидрографических, гидрологических и магнитометрических наблюдений. Он рекомендовал заняться в Павловской магнитной обсерватории, чтобы подготовиться к магнитным наблюдениям для помощи астроному и магнитологу экспедиции Ф. Г. Зеебергу. Но прежде чем приступить к этим занятиям, он предложил съездить в Архангельск и оттуда в Мезень или Кемь для найма трех человек поморов из бывших на Шпицбергене или Новой Земле.
Русская полярная экспедиция Академии наук имела целью найти легендарную «Землю Санникова», которую, как уверял Толль, он видел с северо-западного мыса острова Котельный в августе 1866 года, когда участвовал в экспедиции А. А. Бунге. Другой важной задачей своей экспедиции Толль считал комплексное обследование Таймырского полуострова и других берегов, островов и акваторий Карского и Сибирского морей. В Норвегии Толлем была закуплена деревянная, требующая некоторого переоборудования парусно-паровая шхуна «Гаральд Харфагер», переименованная в «Зарю». В состав экспедиции, помимо начальника и команды, входили ученые А. А. Бялыницкий-Бируля, доктор медицины Г. Э. Вальтер и Ф. Г. Зееберг и три офицера, лейтенанты: Н. Н. Коломейцев – командир судна, Ф. А. Матисен – старший офицер и А. В. Колчак – 2-й помощник командира и гидрограф. Всего же команда «Зари» насчитывала 12 человек, в том числе боцман Н. Бегичев, механик Э. Огрин, машинист Э. Червинский, кочегар И. Клух, старший рулевой В. Железников, матросы Г. Пузырев, Т. Носов, Е. Евстафьев, С. Толстой, Н. Безбородов, А. Семяшкин, повар Ф. Яскевич.
Гидрограф А.В. Колчак по время экспедиции за работой.
«Уже в первое время, – отмечал в дневнике Колчак, – явились некоторые несогласия между Толлем и Коломейцевым по вопросам большею частью чисто принципиального характера. Коломейцев, будучи крайним формалистом, стал на точку зрения командира военного судна и даже предложил Э. В. Толлю ходатайствовать о даровании «Заре» военного флага – вещь крайне неудобная для такого рода плавания, которое нам предстояло. Практика же показала, что военный флаг крайне стеснителен по многим обстоятельствам, во-первых, уже потому, что связанные с ним военное положение и порядок трудно применимы при малочисленной