Радостное событие омрачила безвременная смерть матери. Ольгу Ильиничну похоронили недалеко от дома, на Успенском кладбище в деревне Мурзинка.
Еще в ученические годы будущий адмирал с головой окунулся в точные науки. Часто посещая Обуховский завод, он хорошо узнал артиллерийское и минное дело. Отец познакомил его с британским заводчиком-миллиардером Армстронгом, нажившимся на производстве пушек и удостоившимся впоследствии звания лорда. Он предложил ему продолжить обучение на английских заводах. Но у юноши возобладало желание служить на флоте.
В 1895 году, после нескольких месяцев совершенствования в штурманском деле, Колчак назначается помощником вахтенного начальника на броненосный крейсер 1 ранга «Рюрик». В первом же своем выходе в море, не оставляя замыслов сказать свое слово в науке, он по собственной инициативе производит океанографические работы по специально разработанной программе. Затем был Владивосток, та же должность на крейсере 2 ранга «Крейсер» и необъятные просторы Тихого океана. «Это было первое мое большое плавание. Главная задача была чисто строевая, но, кроме того, я специально работал по океанографии и гидрологии. С этого времени я начал заниматься научными работами. Готовился к южнополярной экспедиции, но занимался этим в свободное время, писал записки, изучал южнополярные страны. Итогом того плавания стали опубликованные «Наблюдения над поверхностными температурами и удельными весами морской воды, произведенные с мая 1897 года по март 1898 года». В них уточнялись методы наблюдений, выверялась правильность карт холодных течений у берегов Кореи.
Тогда же он увлекся восточной философией, особенно учением секты Дзен, проповедующей аскетизм и пренебрежение к быту, пытался самостоятельно освоить китайский язык. Интерес ко всему восточному у Александра Васильевича остался надолго. Позднее Колчак пристрастился к коллекционированию японского холодного оружия. Спустя годы во время посещения Токио он часто бродил по лавкам отдаленных кварталов, надеясь найти знаменитый нож Майошин (чаще всего им самураи совершали харакири). И только в 1918 году удача улыбнулась Александру Васильевичу – японский полковник преподнес долгожданный подарок работы одного из учеников мастера. Для адмирала он стал своеобразным талисманом: «Когда мне становится очень тяжело, я достаю этот клинок, сажусь к камину, включаю освещение и при свете горящего угля смотрю на него. Какие-то тени появляются, исчезают на поверхности клинка, который точно оживает какой-то внутренней в нем скрытой силой – быть может, действительно частью живой души воина».
Много и других незаурядных качеств Александра отмечали