Für die erbländische Politik Friedrichs III. markiert das Jahr 1452 einen schweren Rückschlag. Als 1457, kaum achtzehnjährig, Ladislaus Postumus starb und mit ihm die albertinische Linie des Hauses Habsburg erlosch, stand das Herzogtum Österreich freilich erneut zur Disposition. Im Zuge des erbitterten Kampfes, den sich der Kaiser mit seinem Bruder Albrecht in der Folge über Jahre um das Herzogtum Österreich lieferte, verwüsteten Adelsfehden und plündernde Söldnerhaufen das Land und brachten das wirtschaftliche Leben fast ganz zum Stillstand. Es war die große Zeit von Söldnerführern vom Schlage eines Andreas Baumkircher, Fachleuten des Krieges, welchen die innerhabsburgischen Konflikte zu spektakulären Karrieren, großem Besitz und Vermögen verhalfen. Im Jahre 1458 einigten sich Friedrich und Albrecht zunächst darauf, das Herzogtum Österreich zu teilen. Friedrich sollte das Land unter der Enns (Niederösterreich), Albrecht dagegen das Land ob der Enns (Oberösterreich) regieren. Die Teilung knüpfte an eine Entwicklung an, welche auf der Basis älterer Voraussetzungen im Verlauf des 14. Jahrhunderts zur langsamen Herausbildung einer eigenen obderennsischen Landesgemeinde geführt hatte. Indem Albrecht VI. nun in Linz sein Quartier aufschlug und dort einige Jahre residierte, gab er dem Verselbständigungsprozess des Landes ob der Enns einen kräftigen Impuls. Darin liegt die eigentliche Bedeutung der Vereinbarung von 1458, die im übrigen nur einen kurzen Waffenstillstand ermöglichte. Denn schon 1461 eröffnete Albrecht erneut die Feindseligkeiten, um dem Kaiser auch das Land unter der Enns abzujagen. Während militärisch keine Seite in der Lage war, eine Entscheidung herbeizuführen, wurde die Stadt Wien immer mehr zum Dreh- und Angelpunkt des Geschehens. Sie war Schauplatz der heftigsten Kämpfe, gleichzeitig übernahm die Stadt die Führungsrolle innerhalb der österreichischen Landstände. Angetrieben von ihrem Bürgermeister, dem ehemaligen Viehhändler Wolfgang Holzer, gingen die Wiener im Herbst 1462 so weit, ihren Kaiser und Landesherrn Friedrich III. in der Wiener Hofburg, in der er sich mit seiner Familie und einer geringen Mannschaft verschanzt hatte, zu belagern. Nach zäher Gegenwehr gab Friedrich die Sache schließlich verloren und trat seinem Bruder Albrecht gegen eine jährliche Rente die Regierung in Niederösterreich ab. Kaum war Albrecht in Wien eingezogen, zerbrach auch schon wieder die Interessengemeinschaft des (Erz-)Herzogs mit Bürgermeister Holzer. Letzterer schwenkte zu dem zuvor heftig bekämpften Kaiser um und versuchte, diesem die Stadt Wien erneut in die Hände zu spielen. So leicht war Albrecht indes nicht zu düpieren. Holzer wurde dem (Erz-)Herzog ausgeliefert und auf dessen Befehl als Hochverräter gevierteilt (15. April 1463). Der Kaiser erklärte die Wiener daraufhin zwar in die Reichsacht, die Wirkung der Maßnahme blieb aber aus. Im Wiener Umland hausten nach wie vor die Söldnerbanden, als Albrecht VI. zu Jahresende 1463 plötzlich, ohne Leibeserben zu hinterlassen, starb.
Kaum ruhiger als in Nieder- und Oberösterreich verlief die Entwicklung in den innerösterreichischen Ländern. Langjährige Verwicklungen hatte hier die Erhebung der Cillier Grafen in den Reichsfürstenstand durch Kaiser Sigismund 1436 nach sich gezogen. Friedrich ließ nicht ab, gegen die Rangerhöhung des Grafenhauses anzukämpfen, bis es ihm 1443 als römischem König gelang, die Stellung der Cillier nachhaltig zu beschränken. Diese sollten zwar weiterhin Fürsten sein, doch ohne Fürstentum und ohne landesherrliche Regalrechte. Der Erbvertrag, den Friedrich damals mit den Cillier Grafen abschloss, wurde 1456 zugunsten der Habsburger schlagend, als der letzte männliche Cillier Graf Ulrich in Belgrad einem Mordanschlag zum Opfer fiel. Ein zäher Kleinkrieg um das Erbe des Grafengeschlechts setzte ein, und es kostete Friedrich noch einige militärische Anstrengungen, um die Ansprüche anderer Erbaspiranten, wie der Grafen von Görz, abzuweisen. Waren diese Konflikte den innerösterreichischen Ländern schon eine schwere Belastung gewesen, so litten die Steiermark, Kärnten und Krain ab dem Jahre 1469 zunehmend unter verheerenden Einfällen türkischer Streifscharen. Die innerösterreichische Bevölkerung hatte es in erster Linie mit Akıncı zu tun, irregulären Truppen des osmanischen Staates, die leicht bewaffnet und höchst mobil im Vorfeld des eigentlichen Heeres Schrecken und Verwirrung verbreiteten. »Renner und Brenner« nannte man sie in der zeitgenössischen österreichischen Chronistik. Brand und Zerstörung trafen vor allem das flache Land schwer. Adel und Bürger, die sich hinter die schützenden Mauern ihrer Burgen und Städte zurückziehen konnten, kamen dagegen vergleichsweise glimpflich davon. Angesichts der Unfähigkeit des Adels, die Schutzpflicht gegenüber den bäuerlichen Untertanen zu erfüllen, griffen diese zur Selbsthilfe. Kärntner Bauern gründeten 1478 einen Bund, der innerhalb weniger Wochen im ganzen Land Verbreitung fand. Allein gegenüber der akuten Türkengefahr versagte die bäuerliche Selbstorganisation kläglich. Die Bauern und Bergarbeiter, welche der Bund den durch das Kanaltal nach Kärnten vorstoßenden Türken entgegenstellte, wurden vernichtend geschlagen, und in der Folge wurden gerade die Zentren der bäuerlichen Erhebung furchtbar verwüstet.
Die letzte große Herausforderung der erbländischen Regierung Kaiser Friedrichs III. ging von Matthias Corvinus und dem Königreich Ungarn aus. Seit der 1438/39 für wenige Monate verwirklichten großen Länderunion im Donauraum waren Böhmen und Ungarn nicht mehr aus der Geschichte der habsburgisch-österreichischen Länder wegzudenken, sie wurden zu einem integralen Bestandteil derselben. Ganz zu schweigen vom Haus Habsburg, in dessen dynastiepolitischem Programm der dauerhafte Erwerb der Wenzels- wie der Stephanskrone das gesamte 15. Jahrhundert hindurch als Ziel seinen festen Platz behauptete. Obgleich die österreichischen Stände sich nach dem Tod König Albrechts II. gegen eine einheitliche Vormundschaftsregelung für den Thronerben Ladislaus in Österreich, Ungarn und den böhmischen Ländern sperrten, blieb Friedrich als Vormund des Ladislaus mit der Entwicklung insbesondere in Ungarn aufs engste verbunden. Am sinnfälligsten kommt dies im Besitz der Stephanskrone zum Ausdruck. Die Königinwitwe Elisabeth hatte das symbolträchtige ungarische Kroninsigne nach Albrechts Tod auf abenteuerliche Weise aus Ungarn weggebracht, und von ihr gelangte die Krone in den Besitz Friedrichs als Vormund des Ladislaus Postumus. Der Kaiser gab sie auch nicht heraus, als ihm sein Mündel von den österreichischen Ständen abgezwungen wurde. So konnte es geschehen, dass der noch immer die Stephanskrone in seinem Besitz haltende Friedrich III. nach dem Tod des Ladislaus von einigen westungarischen Magnaten 1459 in Güssing (heute Burgenland) zum ungarischen König gewählt wurde. Die Krönung am traditionellen ungarischen Krönungsort Stuhlweißenburg verwehrte dem Kaiser freilich der von der Mehrheit der ungarischen Großen zum König gewählte Matthias Corvinus. Dieser setzte sich gegen Friedrich, der nur in Westungarn einige Anhänger fand, durch, musste die Auslieferung der Stephanskrone im Vertrag von Wiener Neustadt am 19. Juli 1463 aber um einen hohen Preis erkaufen. Neben der dem Habsburger zugebilligten lebenslangen Führung des ungarischen Königstitels wog vor allem schwer, dass das Abkommen Friedrich und seinen Erben die Nachfolge in Ungarn zusicherte, sollte König Matthias ohne legitimen Sohn sterben. Diese Bestimmung war dem König ein besonderes Ärgernis. Darum strebte er in den folgenden Jahren vehement eine Revision des Wiener Neustädter Vertrages an. Die antikaiserliche Politik des Corvinen griff aber darüber hinaus. Seit den 1470er Jahren zeichnete sich immer deutlicher das Ziel einer Neuauflage der Länderunion König Albrechts II. ab, diesmal jedoch unter ungarischen Vorzeichen. 1477 und neuerlich ab 1482 gab es Krieg zwischen dem Kaiser und dem König von Ungarn. Den militärischen Höhepunkt erreichte der Konflikt in den Jahren 1484/85. Am 1. Juni 1485 hielt Matthias in Wien feierlichen Einzug, während der militärisch unterlegene Kaiser Friedrich III. ganz Niederösterreich preisgeben musste. Selbst die Lieblingsresidenz