Обычно от ареста до приговора проходило около трех лет, и подсудимый был психологически подготовлен признать свою вину, если же он «упорствовал», то отправлялся в комнату пыток. Согласно инструкции он мог подвергнуться пытке лишь единожды. Чаще всего применялось три вида истязаний: оборотами веревки, водой и дыбой. Все наказания делились на две категории: для «примирившихся» и для «упорствующих». Для первой категории существовали три типа наказаний: духовные, физические и материальные. Для второй категории было единственное наказание – смерть через сожжение, которое призвано было устрашить народ. В первые полстолетия инквизиторы приговаривали к смерти 40% всех подсудимых. В случае если еретик умирал до суда или успевал скрыться, то его казнили заочно, сжигая его чучело.
Все приговоры объявлялись на аутодафе – зрелище, призванном устрашить тысячи зрителей. О предстоящей процессии извещали весь город. С самого утра дня казни совершались тщательные приготовления и устраивались внушающие страх декорации на площади. В 7 утра обычно начиналось аутодафе. По площади продвигалась процессия из монахов, солдат и осужденных, которых облачали в «санбенито». Судимые шли, разбитые группами по категориям в порядке увеличения степени их вины. Затем церковь символично передавала каждого осужденного светским властям, которые оглашали приговор. После этого еретиков, осужденных на смерть, уводили за город и сжигали. Впоследствии их «санбенито» вывешивали на городских стенах, как символ позора.
Главным объектом гнева испанской инквизиции за время ее существования была «иудействующая ересь». Основная причина этого явления состоит в том, что когда в 711 году мавры завоевали большую часть Иберийского полуострова, образовались две группы государств: испано-христианские и арабо-мусульманские. После этого до 1492 года шел процесс отвоевания испанских земель. За это время мавры и христиане наладили тесные взаимоотношения, отчасти благодаря евреям. Но учреждение инквизиции нарушило это относительно мирное сосуществование трех народов.
Гоняясь за ересью, христиан убедили, что мавры и евреи пользуются благами христианской цивилизации. Но осложнять отношения с маврами было опасно, т. к. Гранада была