Як політик-реаліст, він досить тверезо оцінював вагу австро-німецьких багнетів для збереження гетьманського режиму. І восени 1918 р., коли виснажені війною Німеччина і Австро-Угорщина запросили миру в Антанти і США, Д. Дорошенко змушений був відправитися до Берліна з проханням залишити окупаційні війська в Україні. Там його застала революція в Німеччині. Терміново довелось перебиратися до Швейцарії в надії на переговори з Антантою. Та гетьман П. Скоропадський в умовах піднятого Директорією повстання вирішив вдатися до розпуску уряду Ф. Лизогуба як «германофільського», і міністр Д. Дорошенко також потрапив у відставку.
В умовах політичного дискомфорту, підозрілого ставлення до себе з боку Директорії, а також моральної і фізичної втоми Д. Дорошенко вдався до улюбленого заняття – науково-літературної праці. Серед інших публікацій готував історію галицької руїни 1914—1917 pp., що була опублікована в журналі «Наше минуле».
Водночас подав прохання до Міністерства народної освіти про призначення приват-доцентом кафедри історії України Українського університету, який було створено в Кам'янці-Подільському за гетьманату. Міністр і ректор університету І. Огієнко дав згоду.
Дмитро Іванович поринув у роботу, із задоволенням взявся до викладання, намагався триматись осторонь політичного життя, хоч Кам'янець досить швидко став його епіцентром. Саме сюди переїхали спочатку опозиційні Директорії політичні діячі, а потім і сама Директорія, що під тиском радянських військ змушена була залишити Київ, а затим і Вінницю. Під безпосередньою загрозою виявився і Кам'янець-Подільський.
Саме у ті дні Д. Дорошенко у складі «закупової комісії» виїхав до Галичини з метою придбання устаткування для університетської друкарні. Із Станіслава, де не вдалося здійснити запланованої покупки, було вирішено їхати до Праги, а далі – до Відня. Тимчасом збройні сили УНР зазнали нових поразок у Галичині, повернення на батьківщину стало проблематичним, відпадала потреба і в друкарському устаткуванні.
Деякий час Д. Дорошенко перебував у Чехії, де завершив роботу над рукописом підручника з історії України, ще раніше замовленого Міністерством освіти.
Кілька місяців очолював місію Українського Червоного Хреста на Балканах, займався репатріацією українських полонених з Італії, Сербії, Румунії. Скрізь, де бував, працював у місцевих бібліотеках.
Врешті, наприкінці 1919 р., опинився у Відні, де остаточно визначився його статус як емігранта, «вигнанця» з усіма наслідками