Сповнений рішучості і надій, М. Міхновський не міг знати, що місія до П. Балбочана – його остання політична акція. Запорозький корпус відступав до Дніпра, і М. Міхновський знайшов його вже у Кременчуці. До того ж М. Міхновський тяжко захворів на плямистий тиф і потрапив до лікарні. Там його було заарештовано радянськими властями й деякий час протримано у в'язниці. Лише завдяки клопотанням місцевої інтелігенції ув'язнення було замінене утриманням під наглядом у приватному помешканні.
Після захоплення Кременчука військами отамана М. Григор'єва він знову опинився на свободі. Однак з політичного життя М. Міхновський був виключений. Важка хвороба підірвала його здоров'я. Він переїхав до себе на батьківщину на Полтавщину.
На початку 1920 р. М. Міхновський опинився в Новочеркаську. Звідти він пробував виїхати за кордон, але денікінці відмовили видати йому, «як непримиренному ворогу Росії», відповідну візу. Чотири роки М. Міхновський прожив на Кубані.
Доля розпорядилася так, що свої останні дні М. Міхновський прожив у Києві. Весною 1924 р. він повернувся сюди, і через деякий час його заарештували органи ДПУ. С. Шемет у своїй посмертній згадці про М. Міхновського писав, що той цікавився життям за кордоном і в одному з небагатьох листів, які зумів переправити з України, писав про бажання покинути Батьківщину. Після кількох допитів його звільнили з-під арешту. Але вже наступного дня, 3 травня 1924 p., трапилося непоправне. М. Міхновського знайшли повішеним у садку будинку, де він квартирував.
До цього часу немає відповіді на питання, що тоді сталося: вбивство чи самогубство? Поховали небіжчика на Байковому кладовищі.
Сьогодні чимало робиться для відновлення пам'яті про М. Міхновського. Правда, підходи до оцінки його постаті і дій залишаються контроверсійними. Мабуть, таке нерідко трапляється, коли мова заходить про неординарну особистість.
Праці М. І. Міхновського
Самостійна Україна. Промова. – Львів, 1900.
Програма Української народної партії. – Чернівці, 1906.
Самостійна Україна. Справа української інтелігенції. – К., 2007.
Література про М. І. Міхновського
Андріевський В. Микола Міхновський (Нарис суспільно-політичної біографи) // Визвольний шлях. – 1974. – № 4. Андріевський М. Микола Міхновський. – Мюнхен, 1950.
Горелов М. Передвісники незалежної України: Історичні розвідки. – К., 1996.
Грушевський М. Спомини. // Київ. – 1989. – № 8—11.
Невідомі документи про Миколу Міхновського // Українські проблеми. – 1994. – № 2.
Кармазіна М. Світ ідей Миколи Міхновського // Нова політика. – 1998. – № 6.
Курас І. Ф., Гурченко Ф. М. Перший речник українського самостійництва Микола Міхновський // Українська ідея та її творці.