На цей час припадає остання спроба Речі Посполитої повернути собі втрачені східноукраїнські землі. Наприкінці 1663 р. величезне військо на чолі з королем Яном Казимиром, у якому були й правобережні козаки гетьмана Павла Тетері, а також союзні татари й німецькі найманці, переправилося через Дніпро біля Ржищева (кілометрів за 60 на південь від Києва), – наведенням моста керував майбутній гетьман Михайло Ханенко, – й отаборилося поблизу Остра. У січні наступного року, обходячи стороною добре укріплені міста, ця армія рушила на схід. Після запеклого штурму впала Лохвиця, Тетеря захопив Прилуки, але Гадяч, столиця Брюховецького, встояв під тиском правобережних козаків.
Головна армія під проводом Яна Казимира зазнала невдачі під Глуховом, біля російського кордону – тритижнева облога цього міста не принесла полякам нічого, крім значних втрат. Лівобережні козаки на чолі з Василем Дворецьким билися хоробро, а правобережні – неохоче, через що в лютому й був розстріляний іхній наказний гетьман Іван Богун, славетний полководець і товариш Хмельницького. На Правобережжі на противагу походу поляків спалахнуло повстання, у якому найбільшу вагу мали запорожці Івана Сірка. Урешті польському королю довелося безславно відступити.
Ян Казимир втратив чи не половину армії, але татари таки набрали багато ясиру, тобто полонених. Син герцога де Грамона, Антуан Шарль де Грамон, який воював на боці поляків, писав, що татари, повертаючись через Україну в межі ханства, вбивали всіх людей, старших за шістдесят років, дорослих чоловіків продавали на галери, хлопчиків залишали для втіх, жінок – для продовження роду й подальшого продажу. Татарські набіги на українські землі у XVII ст. відбувалися чи не щороку.
Ясна річ, сотник Прилуцького полку Самойлович не міг лишатися осторонь цих подій і був учасником оборони Лівобережжя, у якій, разом з козаками гетьмана Брюховецького, брали участь і російські війська (серед них були й калмики) під командуванням князів Григорія Ромодановського і Якова Черкаського. У 1665 p., поступившись своєю посадою Денисові Сичу, Самойлович очолив полк з охочих козаків, посланих гетьманом під Смоленськ на допомогу російським військам. Утім, серйозних бойових дій того року вже не було: війна добігала свого кінця. Пізніше Самойлович опинився серед полкової старшини вже Чернігівського полку (обіймав посади писаря, осавула й судді), іноді приймаючи командування як наказний полковник із резиденцією в Седневі (містечко на північний схід від Чернігова).
Безпосереднім начальником майбутнього правителя