Los avances de la biología molecular, sin embargo, condujeron a nuevos planteamientos reduccionistas, que aspiraron a reducir todas las explicaciones biológicas al ámbito de la biología molecular. El reduccionismo genético clásico, como el de Monod, abrió las puertas a perspectivas indeterministas en la biología al introducir el azar en sus diferentes instancias, como generador de variedad, como mecanismo evolutivo, etc. (Monod 1970). Pero, para el determinismo genético posterior, los genes determinan por completo la morfología y el comportamiento de los fenotipos. Se originaron de este modo una serie de discusiones acerca de la relación que existe entre la microevolución y la macroevolución biológica, pero, así como no existen leyes de la biología que puedan ser reducidas a leyes de la biología molecular, tampoco los genes y el ADN logran satisfacer los criterios de reducción de un modo adecuado.
A pesar del fuerte impulso que el programa reduccionista tuvo en las últimas décadas del siglo pasado, muchos científicos y filósofos de la biología hoy piensan que no es posible reducir las explicaciones de la biología a las de la física (Dupré 2010, Keller 2010). Tampoco faltan biólogos antirreduccionistas que consideran las explicaciones de la macrobiología apropiadas y lo suficientemente autónomas como para no requerir ser corregidas, completadas o sustentadas por explicaciones a nivel molecular. Así, a diferencia de quienes sostienen que las disciplinas que estudian los niveles elementales de la materia son las más fundamentales, otros autores afirman que se requiere una combinación de disciplinas y de aproximaciones teóricas diversas para abordar los problemas que ofrece la complejidad biológica (Folguera 2011). Otra respuesta al reduccionismo genético provino del emergentismo, que reconoce la existencia de propiedades holísticas no deducibles desde las partes del organismo. Las consideraciones emergentistas utilizan la noción de causalidad hacia abajo (top-down o downward) para indicar la capacidad selectiva de los organismos complejos respecto a algunas propiedades de sus partes constitutivas (Van Gulick 2003).
En el capítulo 3, Mariano Asla y Valeria Cantó-Soler presentan las razones del perenne debate en torno al reduccionismo en biología. Al carácter esencialmente interdisciplinar y transteorético de muchos problemas de la biología, se añaden también la naturaleza esencialmente limitada del conocimiento humano y la gravedad de las consecuencias teóricas y prácticas de la cuestión abordada. Por otra parte, los términos de la discusión son frecuentemente problemáticos, puesto que lo que para unos sería reduccionista para otros avalaría una postura justamente contraria. La tesis de los autores es que el reduccionismo ontológico es una tentación natural, debida en buena medida a que el conocimiento científico avanza identificando y desmontando los procesos complejos en legalidades más elementales. El peligro que hay que evitar es desconocer la existencia de realidades de suyo irreductibles, entre las cuales la vida parece ser uno de los mejores ejemplos.
Por otra parte, Guillermo Folguera y Christian Francese abordan en el capítulo 4 las dificultades epistemológicas y ontológicas que debe enfrentar el determinismo genético en la biología contemporánea. Resaltan que actualmente la biología presenta numerosas subdisciplinas (biología molecular, biología genética, biología del desarrollo, biología funcional…), cada una con objetos de estudio, metodologías y marcos teóricos diversos. El determinismo genético, adoptado como marco teórico hegemónico de la biología durante gran parte del siglo pasado, se presenta en las distintas subdisciplinas con matices propios, aun cuando ese marco se fue modificando de manera sustancial. Esa pluralidad de enfoques indica, para los autores, la coexistencia de diversos significados del determinismo genético, cada uno de ellos expuesto a diferentes objeciones.
Si la discusión en torno a una naturaleza determinista o indeterminista se presenta ya aguda en el nivel de la física, y se intensifica cuando toca la cuestión de la vida y la evolución de sus formas, el debate revela su mayor trascendencia cuando se refiere a la conciencia y a la libertad del ser humano. Con el enorme desarrollo de las neurociencias, pareció tanto más tentador, y probable, reducir la conciencia a fenómenos neurobiológicos. El aumento en el grado de complejidad que esa reducción requeriría disparó nueva discusiones epistemológicas y ontológicas, retomando de una forma u otra las disputas de la filosofía de la mente. En las discusiones recientes se han propuesto algunos argumentos en defensa de una versión no reduccionista de lo mental, como el de la realización múltiple de los estados psicológicos, los argumentos funcionalistas y la existencia de qualia.
No obstante, las caracterizaciones sistemáticas de los distintos niveles explicativos de las ciencias cognitivas y del cerebro son infrecuentes, y en esos intentos las consideraciones ontológicas y epistemológicas suelen aparecer entremezcladas. Hoy resulta todavía un desafío alcanzar un modelo que dé cuenta de la conexión entre los distintos niveles epistemológicos. En el capítulo 5, Ivana Anton Mlinar y Martín López Vicchi proponen comprender la diferenciación de niveles desde la unidad personal, a fin de no concebir esos niveles como partes materiales o inmateriales que, aunque formando parte de un todo, pudieran también concebirse aisladamente. Los autores de este capítulo entienden que, para hacer justicia a la unidad y, en consecuencia, a la identidad del individuo, es necesario tomar precisamente esa unidad como definitoria, esto es, como principio ontológico distintivo.
Las discusiones epistemológicas abren de un modo natural el camino a las preguntas ontológicas sobre los fundamentos filosóficos de las neurociencias, en particular acerca de la naturaleza de la mente y del alma. Con pocas excepciones, la mayoría de los autores está de acuerdo en rechazar toda forma de dualismo cartesiano. Luego de que Gilbert Ryle caracterizara el alma cartesiana como un «fantasma en la máquina», muchos han adoptado una posición materialista o reduccionista (Churchland 1968, Changeux 1983, Dennett 1991). Sin embargo, no faltan quienes sostienen una dualidad lingüística o semántica sin compromisos ontológicos. Como ejemplos de esta postura tenemos a Paul Ricoeur (Ricoeur y Changeux 2000) y a quienes buscan una alternativa al reduccionismo recurriendo a la «falacia mereológica» (Bennett y Hacker 2003). Según estos últimos, no es posible atribuir a las partes (ej. el cerebro o cualquier otro órgano) lo que pertenece al todo (el ser humano, la persona). Pero la dificultad que presenta este enfoque es que separa de un modo muy estricto los campos de significado de la ciencia y de la filosofía (o del lenguaje ordinario), haciendo casi impracticable el diálogo interdisciplinar.
La original pretensión de la fenomenología de reservar para la filosofía un ámbito propio de estudio de la conciencia y el espíritu, cedió ante la afirmación de que la conciencia siempre refiere a un polo objetivo —el mundo— a través de la mediación de nuestro cuerpo. De esa forma, solo se podría entender el mundo como corpóreo y la conciencia como el correlato necesario de la manifestación del mundo (Merleau-Ponty 1945, 1964). Esta ambigüedad facilitó el trabajo al llamado «proyecto de naturalización de la conciencia humana», que agrupó a neurocientíficos, filósofos y psicólogos tras el objetivo de mostrar que toda propiedad de lo mental resulta aceptable solo si está en continuidad con las propiedades estudiadas por las ciencias naturales (Petitot et al. 1999). Pero esto implicaba desandar los pasos de la misma fenomenología, al reservar solo al discurso científico la racionalidad en el estudio de lo humano. Desde la fenomenología se procuró nuevamente reafirmar lo espiritual, aunque evitando las afirmaciones de tipo ontológico, para no caer en un dualismo. Se buscó entonces rescatar el sentido del discurso en términos de la primera persona, para diferenciarse de la ciencia que discurriría en términos de la tercera persona. Searle también resaltó la irreductibilidad del discurso de la primera persona y la fiabilidad, hasta cierto punto, de la psicología popular (folk psychology), pero por rechazo al dualismo se orientó hacia una ontología naturalista (Searle 1992). Un punto en discusión actual es si cabe una postura no reduccionista que prescinda a la vez de