С мая 1917-го национальный вопрос стал одним из самых болезненных для новой власти. Структуры Временного правительства не признали решений военного съезда, назвав Украинский Генеральный комитет «полностью частной самостоятельной организацией». Неодобрительно отнеслась власть и к идее «украинизации» армии. А. Керенский, тогда еще военный министр Временного правительства, прибыв в Киев 20 мая, заявил, что перегруппировка войск по национальному принципу невозможна. 26 мая Центральная Рада обратилась к Временному правительству с предложением признать автономию Украины в составе России. Но из Петрограда был получен категорический отказ и запрет проведения II Всеукраинского военного съезда. Центральная Рада решила готовиться к «самовольному» провозглашению автономии Украины. В итоге Симон Петлюра оказался руководителем без власти. Генеральный комитет пока только на словах мог на что-то влиять, ведь большинство военных руководителей его игнорировали.
II Всеукраинский военный съезд открылся 7 июня и стал, по сути, первым триумфом Петлюры – съезд знаменовал рождение Симона как политика, который наконец стал выходить из тени Винниченко. Съезд утвердил Петлюру в качестве главы Генерального комитета и решил, что приказы комитета будут обязательны для всех воинов-украинцев и украинских военных организаций, ультимативно потребовав от российского командования признать Генеральный комитет. 10 июня Центральная Рада, без согласования с Временным правительством, приняла свой I универсал, который провозглашал автономию Украины, «не отделяясь от России, не разрывая с государством Российским». В универсале говорилось о скорой национализации и переделе земли помещиков, о перевыборах местной администрации.
Принятие универсала вызвало в Петрограде взрыв возмущения и обвинений в адрес Центральной Рады в «нелояльности», «анархизме». Появились заявления в прессе о том, что это «нож в спину революции», призывы «оружием покарать изменников» и «австрийских шпионов». Особое возмущение вызвало создание Генерального секретариата Центральной Рады – нового правительства на украинских землях. Коалиционный Генеральный секретариат представлял собой подобие Совета министров для автономной Украины. Возглавил секретариат и стал в нем еще