Но смерть все крепче и крепче налагала свою печать на уста подвижника, он уже не говорил, не слыхал голоса братии и только слегка шевелил губами, творя тайную молитву. Так прошло довольно времени. Вдруг преподобный воскликнул радостным голосом настолько ясно, что все окружающие услышали его: «Где трое этих чудных старцев?» Бывшие вблизи братия спросили: «О каких монахах ты спрашиваешь, отец?»
«Перед основанием этой святой обители пустынники посетили меня в Горицах и теперь они пришли ко мне. Разве вы их не видите в этой келлии?»
Братия ответили: «Мы никого не видим, кроме твоих учеников, здесь стоящих».
Святой старец замолк, причастился Животворящих Таин Тела и Крови Господних и с миром предал трудолюбную душу свою в руки Божии. Это случилось 7 апреля 1540 года, в 11-м часу дня, в среду второй седмицы по Пасхе. Жития преподобного было более 80 лет.
Слух о кончине великого подвижника быстро разнесся по окрестностям, и сошлись на погребение его архимандриты, игумены, множество бояр, монахов, белых священников и простого люда из города и сел со свечами и ладаном. Торжественно погребли преподобного Даниила при церкви Святой Троицы, у самой стены, возле святого жертвенника, в монастыре, им устроенном.
В 1652 году, при царе Алексии Михайловиче и патриархе Никоне, последовало открытие мощей преподобного Даниила при таких обстоятельствах.
Боярский сын города Переяславля Залесского Иван Андреевич Дауров, которого родители лишили наследства, ушел из отцовского дома и поселился на житье в Троицком Даниловом монастыре, чтобы приготовить себя к монашескому служению. По повелению настоятеля Иоанн вместе с другими монастырскими рабочими трудился на удаленной от монастыря пустоши Пыжеве. День был жаркий: солнце палило так сильно, что нельзя было продолжать работы, и монастырские трудники старались укрыться в тени дерев. Прилег под деревом Иоанн и уснул. Во сне предстал перед ним благообразный муж в монашеской одежде, и говорит: «Иоанн, Иоанн, встань! Новый исповедник и равноапостольный Филипп, митрополит Московский и всея Руси, не захотел пребывать на Соловецком острове, но пришел на свой престол, в царствующий град Москву. Время и мне явиться: не могу более оставаться в земле, но пусть прославится имя мое, как и блаженного Филиппа».
Иоанн очень испугался и еле