В память своего пребывание в обители великий князь приказал поставить каменную церковь во имя Святой Троицы, а каменные сараи Горицкой церкви и храма Никиты Чудотворца велел Даниилу перевезти в свой монастырь. Но Троицкая церковь с приделом Иоанна Предтечи была поставлена уже после смерти Василия, в правление его малолетнего сына Иоанна IV, при митрополите Данииле. Вместе с названной церковью была выстроена каменная же трапезная в честь Похвалы Пресвятой Богородицы с пределом во имя Всех Святых, а под нею разные палаты, нужные для монастырского обихода. Один из иноков Марк сказал преподобному: «Хором понастроено много, для какой надобности все это?» Даниил отвечал: «Если Богу будет угодно, эти постройки не окажутся напрасными. Поверь мне, брат Марк, хотя я и грешен и телом буду отдален от вас, но духом никогда не разлучусь с вами и благодать Божия пребудет на месте этом».
Господь Бог видимо не покидал Своею помощью святую обитель. Наступил всюду большой голод, не минул он и Переяславля Залесского. На торгу не было хлеба ни печеного, ни в зерне, а у Даниила в монастыре проживало до 70 с лишком человек братии, кроме мирян. Жита становилось все меньше и меньше. Старший хлебник, по имени Филофей, инок добродетельный, упал духом и сказал: «Господин, дойди до житниц и посмотри, как мало остается муки: нам хватит ее не больше, как на неделю, а до нового урожая более 7 месяцев».
Подвижник пришел к житнице и увидал, что муки около 15 четвертей, как и сказал ему хлебник. Явилась убогая вдова, которой с детьми грозила голодная смерть, и просила себе с семьей муки на пропитание. Даниил наполнил ей мукой мешочек, помолился Богу, благословил остальную муку и торжественно сказал келарю: «Не нарушь повеления нашего, не обидь голодных людей, которые будут приходить в монастырь за помощью, не отпускай из него никого без пропитания, и Господь защитит нас по воле Своей».
Приказания старца были свято исполнены: всем приходившим давали довольно, но остатка муки хватало на прокормление иноков, простых людей, нищих и голодных, которые являлись за подаянием. И жившие в монастырском селе питались тем же остатком муки, пока не поспел новый хлеб и не прекратился голод. Только за полмесяца до свежего урожая прослышали о недостатке хлеба в Данилове монастыре христолюбивые вельможи Феодор Шапкин да Никита Зезевитов и прислали 80 четвертей ржи на пропитание братии.
Заботясь о пище телесной, больше всего преподобный старался питать братию хлебом духовным. Он наставлял монахов совершать молитвы в церкви и келлиях со страхом и благоговением не только днем, но и ночью. Он требовал также, чтобы после вечернего правила никто не вел праздных разговоров, но пребывал в безмолвии и в меру предавался сну. Когда один монах, состоявший при хлебенной