Видя себя уже у дверей гроба, святой старец очень желал уйти на место своего пострижения — в Пафнутьев монастырь, но моления братии удержали его. Тогда подвижник решил уйти тайно; уже перебрался в другой свой (малый) монастырь Христова Рождества и пробыл там ночь, чтобы отправиться в дальнейший путь, но его упросили до конца остаться в устроенной им обители. Он вернулся из Рождественского монастыря в городе Переяславле в свой большой монастырь и уже не делал попыток перейти в Пафнутьев Боровский монастырь. Больше и больше предчувствуя наступление смерти, Даниил кротко просил настоятеля своей обители руководить братией по закону Божию и преданиям святых отцов; управлять врученным ему стадом не из славы или своеволия, не в гневе или безрассудной дерзости, но в тишине, беззлобии и духовной любви; поддерживать немощных, пастырски направлять их и угождать не себе, а Богу и братии. Призвав своего ученика Кассиана, подвижник сказал: «Сын мой, возьми из грешных рук моих две эти волосяных одежды, которые я носил на теле моем: одну отдай повару Евстратию, а другую — Иринарху. Вы сами знаете все Евстратиевы добродетели… И другой повар, Иринарх подвизается трудолюбно».
Старость все сильнее и сильнее повергала Даниила в изнеможение, и он уже с трудом передвигался. Однажды во время церковной службы он так ослабел, что не имел сил дойти до своей келлии, и сказал братии: «Ведите меня в келлию, ибо я изнемогаю».
Архимандрит Иларион позвал инока Иону, и они повели под руки старца. Вышедши из церкви через левые двери и минуя место, где теперь гроб святого, Даниил сказал: «Вот покой мой на веки; здесь и поселюсь, как желал, — и, заливаясь слезами, промолвил братии: — Молю вас, братие, здесь погребите тело мое грешное».
Снявши с главы клобук, святой старец передал его иноку Ионе со словами: «Теперь, Иона, исполни желание мое, возьми этот клобук из грешной руки моей и возложи на свою голову».
Иона бережно взял подарок и, поклонившись преподобному до земли, произнес: «Благословение твое да будет со мною во веки веков».
Старец ответил: «Аминь». Архимандрит же Иларион заметил преподобному: «Этот клобук ты отдал Ионе, а другого у тебя нет; что ты возложишь на главу свою?» Подвижник ответил на это: «Я уже не буду больше носить клобука, но поскорее ведите меня в келлию и пошлите за моим духовным отцом, пусть облечет меня в великий образ схимничества и возложит