Прежде всего надо было решить, во имя кого строить храм. Многие по этому поводу давали свои советы, но более других пришлась по душе Даниилу мысль Горицкого священника Трифона (позднее постриженного в монахи с именем Тихона); он сказал подвижнику: «Следует на божедомье поставить церковь во имя Всех Святых, от века Богу угодивших, так как ты хочешь творить память о душах весьма многих людей, которые упокоены в скудельницах; если среди усопших окажутся угодники Божии, то и они причтутся к сонму всех святых и будут заступниками и покровителями храма Божия».
Подвижник, не любивший доверяться одному своему разумению, охотно последовал благому совету Трифона и прибавил от себя: «Да и тот безвестный странник, который мне говорил: “дядюшка”, если он воистину угодник Божий, со всеми святыми будет призываться в молитвах. А он ведь главный виновник того, что я стал размышлять о построении церкви: с тех пор, как я положил его в скудельнице, необыкновенно разгорелось во мне желание создать храм на божедомье». Преподобный решил построить всего одну церковь над скудельницами и призвать к ней белого священника с пономарем.
Отправившись на реку Трубеж (где стояло много плотов), чтобы приобрести бревна для церкви, Даниил встретился с престарелым купцом Феодором, который был переселен из Новгорода в Переяславль при великом князе Иоанне III в 1488 году. Приняв благословение от подвижника, купец спросил: «Для какой надобности, отче, ты покупаешь эти бревна?» — «Имею в виду, если угодно будет Господу, воздвигнуть на Божедомном месте церковь». — «Там будет монастырь?» — «Нет, будет одна церковка и при ней белый священник с пономарем». — «Следует на том месте быть монастырю; да и меня, отче, благослови купить бревенец, чтобы поставить себе на божедомье келлийку, там постричься в монашество и провести остаток дней своих».
Феодор, действительно, был потом пострижен с именем Феодосия и с усердием нес все тяготы иноческой жизни. И многие другие горожане и поселяне, купцы, ремесленники и земледельцы понастроили себе, по примеру Феодора, келлии и, с благословения Даниила, приняли пострижение. Так, помощью Божией, над скудельницами возник целый монастырь в лето от Рождества Христова 1508-е. Когда церковь во имя Всех Святых была окончена, на освящение ее (15 июля) из города Переяславля и окрестных сел сошлось множество священников и всякого мирского люда со свечами, ладаном и милостынею, и была великая радость, что на опустелом месте устрояется святая обитель. Вместе с храмом во имя Всех Святых поставлена была трапеза с церковью во имя Похвалы Пресвятой Богородицы. Даниил избрал игумена, призвал двух священников, диакона, пономаря и просфорника, и началось каждодневное совершение Божественной литургии. Заботами подвижника церкви украсились святыми иконами чудного письма; на монастырских вратах также были поставлены иконы хорошей работы; приобретены были книги и другая богослужебная утварь. У каждой скудельницы Даниил поставил