Всего преподобный прожил здесь в подвигах одиннадцать лет — и Бог удостоил его дара прозорливости.
В те годы Русская земля переживала тяжкое Смутное время. По смерти Бориса Годунова (с 1605 г.) на Руси воцарился самозванец, а после его скорой гибели и четырехлетнего правления Василия Шуйского государство осталось вовсе без царя — среди внутренних раздоров, неурядиц, междоусобиц, вызванных новыми самозванцами, и внешних опасностей от поляков и шведов. Поляки заняли Смоленск и самую Москву, шведы — Новгород. Шайки казаков и разбойников, отряды поляков и литовцев бродили по государству, грабя и убивая население. В начале 1612 года в Нижнем Новгороде по призыву Троице-Сергиева монастыря уже собиралось земское ополчение, которое под предводительством Космы Минина и князя Пожарского должно было освободить Москву от поляков и дать мир и тишину исстрадавшемуся от смуты государству и Церкви Православной; но пока смута и злодеяния царили по всей Русской земле. В этой смуте суждено было погибнуть смертью невинного страдальца и преподобному Евфросину.
Одна ватага ляхов, вероятно, принадлежавшая к отрядам пана Лисовского, с грабежом и разбоем проникла в округ Устюжны. Население, напуганное разбойниками, грабителями и насилиями иноплеменников, уже давно приучилось скрываться по лесам, среди болот и непроходимых топей. Обитель преподобного Евфросина казалась удобным и безопасным убежищем, будучи удалена от жилых мест и окружена реками, озерами и зыбучими мхами. Поэтому сюда собралось немало народа, не только простого, но и из знатных семейств, надеясь здесь скрыться от разбойничавших ляхов. Но обители суждено было потерпеть поругание от иноверных. Преподобный Евфросин прозрел надвигавшееся бедствие и предупредил о нем насельников обители и всех, искавших в ней защиты. В 19-й день марта 1612 года преподобный открыл им, что приближаются вооруженные супостаты, и предложил позаботиться о своей безопасности.
«Братья мои и чада возлюбленные о Христе! — говорил святой. — Кто хочет избыть напрасной смерти, уходите из обители Пресвятой Богородицы и спасетесь от великой беды. Ибо так угодно праведному суду Божию, что вскоре придут на это святое место злые супостаты».
Многие не поверили ему. «Почему же ты не уходишь от святого места сего?» — спрашивали они. Старец отвечал: «Я пришел сюда умереть ради Христа».
Однако не все сочли ответ искренним и продолжали думать про себя, что старец говорит так из недоброжелательства