Проснувшись, Иринарх рассказал о своем видении игумену и братии и в удостоверение показал след удара на бедре своем. Исполняя волю почившего святого, Иринарх написал образ его, который стоит над гробницею и сохраняется доныне.
В селе Иванькове, близ Костромы, в конце XVIII и начале XIX века жил помещик Протасьев. Он долго болел глазами и наконец ослеп. Несчастный не знал, что делать. Но вот является ему во сне старец и советует помолиться преподобному Пахомию. Между тем Протасьев и не знал, где лежат его мощи. Один знакомый ему сказал, что преподобный Пахомий лежит в Сыпанове, и больной с радостью и надеждой явился туда. Целый день горячо молился Протасьев у раки преподобного и совершенно прозрел. В благодарность за исцеление свое он сделал серебряную ризу на гробовую икону преподобного.
В 1811 году в церкви Сыпанова работали живописцы. Один из них, Соколов, работал в куполе, но так лениво, что священник хотел удалить его. Внезапно Соколов тяжко занемог, заболела и его семья. Чувствуя приближение смерти, живописец раскаялся в небрежности своей. Тогда явился ему во сне преподобный Пахомий и говорит: «Вставай и впредь так не делай». Явление так сильно подействовало на Соколова, что, скоро выздоровев, он с усердием принялся за работу и прекрасно исполнил стенную живопись.
Рассказывают, что преподобный Пахомий еще раз явился живописцу перед тем, как писать ему на стене изображение угодника Божия. Пробудившись, Соколов немедленно взялся за кисть, чтобы не забыть черты лица преподобного Пахомия.
В 1843 и 1892 годах жители Сыпанова были чудесно избавлены предстательством преподобного от пожара. Но особенно памятна для нерехтчан и всего Нерехтского края помощь угодника Божия во время холерных эпидемий 1848 и 1853 годов.
С весны 1848 года холера сильно распространилась по Костромской губернии. В Нерехте началась она в мае и скоро пребратилась в мор. Прихожане села Сыпанова обратились с молитвой к преподобному Пахомию, и он избавил их от смертоносной язвы. Когда совершали крестный ход по селу и деревням прихода, болезнь немедленно прекращалась; отчаянные больные немедленно выздоравливали. В Нерехту икона преподобного принесена была в самый разгар эпидемии и оставалась десять дней, и там очень мало умерло из заболевших — всего 9 человек из 300. Носили икону чудотворца и по соседним селениям и деревням.
Через пять лет повторились подобные явления милости Божией по молитвам преподобного Пахомия. В одной деревне был тяжко болен холерой старик. Без чувств лежал он, и родные ждали его смерти. Вдруг он вздрогнул и спросил: «Несут ли угодника?» Ему сказали, что с образом уже входят в деревню. Больной тотчас же встал, пошел навстречу иконе и носил ее по домам деревни совершенно здоровый. Так награждена была вера в помощь угодника Божия. Зато неверие наказывалось. Один врач и жена его смеялись над приверженностью православных к иконам и набожностью народа. В тот же день заболели