Окончив храм, преподобный Пахомий заботливо устраивает монастырь. Братия и многие посетители обители ставят братские келлии. Монастырь обносят стеною. Для пропитания братии заводится хлебопашество: вырубается окрестный лес, выжигается заросль и появляются поля, засеянные рожью, житом и овсом. Все это делал преподобный затем, чтобы братия не были праздными и питались от своих трудов, а не одними приношениями мирских людей. Этого мало. Помня, что монастырь устроился на пожертвования мирян и даже при их трудовом содействии, преподобный Пахомий поставил за монастырской стеною гостиницу для «гостей», то есть приходящих в обитель богомольцев. Исполняя долг гостеприимства, подвижник кормил пришельцев монастырским хлебом и сам с братией вкушал вместе с ними трапезу. Вместе с внешним шло и внутреннее устроение Пахомиевой обители. Подвижник дал ей строгий общежительный устав, определил монастырские должности: келаря, казначея, чтеца, певца и екклесиарха. В конце концов Нерехтский монастырь стал отличаться таким порядком, что другие монастыри стали ставить его в образец себе. Это вызывало и более усердные жертвы окрестных христолюбцев: они давали святому на строение монастыря, каждый от своего имения, кто сколько мог. Один зажиточный нерехтчанин пожертвовал монастырю два колокола, третий устроил подвижник на собственные средства.
В трудах и заботах о своей обители, в молитвенных подвигах и попечении о спасении души своей состарился преподобный Пахомий, занемог и почувствовал приближение кончины. Инокам, окружившим одр, он сказал прощальное наставление: «Братия! — начал подвижник, — ныне отхожу от вас и вручаю вас всех Пресвятой Троице и Пречистой Богородице. А вы выберите вместо меня, кого хотите, настоятелем».
В ответ братия заплакали и единогласно сказали умирающему старцу: «Отец наш и пастырь! Не лучше ли и нам быть погребенными с тобою, чем здесь оставаться без тебя!»
Преподобный утешил иноков, советовал им надеться на Бога и выбрал им в игумены на свое место Феодора, постриженника Владимирского Рождественского монастыря, оттуда пришедшего в Сыпановскую пустынь. И много святой поучал братию и наставлял на путь спасения, как соблюдать чин и устав монастыря, а в заключение прибавил: «Братия! Терпите находящие на вас скорби и беды на сем месте, да обрящете благодать Божию». После того преподобный испросил у братии прощение, дал им последнее благословение и отпустил с миром по келлиям. 21 марта он приобщился Святых Таин, взирая на иконы, провозгласил: «Господи! В руце Твои предаю дух мой!», — и скончался. Это было в 1384 году.
Погребение останков угодника Божия было очень торжественно, при большом стечении народа. Честные мощи преподобного положены были по правую сторону алтаря Троицкого собора. Когда в Сыпанове строили каменную церковь