Владыка Серапион ничего не отвечал, говорит летописец. По словам же преподобного Иосифа, архиепископ вместо ответа начал только свариться со всеми, говоря: «Про то я ведаю, почему не благословил Иосифа, а вам какое до того дело? Волен я в своем чернеце, как и князь Феодор в своем монастыре». На вопрос великого князя, за что он назвал князя Феодора небесным, а его земным, Серапион не нашелся ничего сказать. Собор простил и благословил игумена Иосифа, владыке же Серапиону определил пребывать в монастыре.
Долгое время новгородцы не могли утешиться о лишении своего доброго пастыря и учителя. Недолго был он у них, но успел и в короткое время показать себя питателем нищих, наказателем вельмож, утехою скорбящим, прохладою обуреваемым и общим всем помощником. 17 лет у новгородцев не было архиепископа после владыки Серапиона.
Много претерпел святой Серапион в заточении в Андрониевом монастыре. Митрополит перед своею смертью в 1511 году примирился со святым Серапионом, пригласил его в Москву к себе, благословил и сам принял от него прощение. Тогда же последовало примирение с владыкою Серапионом и преподобного Иосифа. Сам великий князь Василий Иоаннович, вспомнив завет своего родителя, смиловался и позволил владыке Серапиону переселиться в Троице-Сергиев монастырь, где он много подвизался в посте, молитве, глубоком смирении и терпении. Перед кончиною своею святой Серапион принял схиму; простившись с братией обители преподобного Сергия и причастившись Святых Тайн, он скончался 16 марта 1516 года со словами на устах: «Господи, в руце Твои предаю дух мой».
Необыкновенною радостью осветилось лицо почившего святителя; со слезами и скорбью погребли иноки владыку Серапиона близ церкви Живоначальной Троицы; святые мощи его обретены нетленными в следующем 1517 году, 7 апреля, и почивают под спудом в Троице-Сергиевой Лавре, на южной стороне Троицкого собора, где прежде была келлия преподобного Сергия.
Бог прославил Своего угодника особым даром чудотворений и прозорливости как при жизни, так и после блаженной его кончины.
Однажды святитель Серапион в праздник Успения Пресвятой Богородицы пригласил к себе на пир старейшин града и множество народа; среди пришедших был один хромой, который ползал много лет на ногах и руках, опираясь на деревяшки. Милостивая душа архиепископа захотела напитать хромого сначала духовною пищею. Святой Серапион со слезами помолился Господу об исцелении больного и сказал хромому: «Во имя Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа востани на ноги твои!» Хромой поднялся на ноги, подошел к архиепископу и принял от него благословение. Бывшие при этом чуде прославили Бога и его угодника.