Некоторые слова из языка местных жителей восточноафриканского побережья, также сохранившиеся в средневековых арабских манускриптах, однозначно указывают на их происхождение из языков банту, в т. ч. и тех, что спустя несколько веков будут использоваться в Южной Африке. В частности, слово lmnkuluglu ‘бог, владыка’ из сочинения ал-Хамдани (X в.) сопоставляется с термином зулу unkulunkulu ‘очень старый’ и может указывать на то, что предки зулусов тысячу лет назад проживали значительно севернее сегодняшних мест расселения.
Началом систематического изучения африканских языков можно считать XVI в. Появление на берегах Африки европейских колоний и рост торговли между Африкой и Европой привёл к необходимости записи и кодификации европейских знаний о народах и государствах Африки. Первые короткие списки слов на африканских языках западного побережья континента появляются в середине XVI в., одним из них был «французско-гвинейский словарь», датируемый 1544 г.
Этот первый период исследований можно с полным основанием назвать «миссионерским», так как он неразрывно связан с деятельностью европейских католических, а позже протестантских миссий, стремившихся найти взаимопонимание с жителями прибрежных районов Африки. Некоторые из трудов по африканским языкам, вышедшие в свет в XVI–XVIII вв., подготовлены не столько для религиозных нужд, сколько с целью облегчить деятельность торговых компаний: таков, например, словарь, составленный в середине XVII в. для нужд Французской торговой компании Сенегала и содержащий списки слов на языках волоф, мандинка, фула, сереер и сонинке. Однако большинство изданий выходило из-под пера миссионеров.
Уже первые отчёты католических миссий, направленных португальским правительством в Конго, Анголу и Мозамбик в середине XVI в., содержат небольшие списки слов на местных языках банту. Среди них – такие слова, как mozimo (mudzimu) ‘бог, дух’, encose (inkosi) ‘вождь’, enganga (nganga) ‘колдун, священник’, легко идентифицируемые в современных языках банту Юга Африки. К началу XVII в. относится составление первых молитвенников и переводов Катехизиса на африканских языках. К тому времени правящая элита и большая часть городского населения Королевства Конго были христианизованы, и религиозная литература на языке конго призвана была упрочить влияние христианства. В 1643 г. Общество иезуитов издало в Лиссабоне первое краткое описание языка конго, к тому же времени относится издание испанско-конголезского словаря фламандца ван Гееля, которое заканчивается характерной записью о незавидной участи автора: Скончался, побиенный камнями, 17 декабря 1652 г. Наконец, весьма подробная грамматика языка конго вышла в Риме в 1659 г. за авторством монаха ордена капуцинов Гиацинта да Ветралья. Здесь впервые была систематически изложена система