В то же время в Восточной Африке (вероятнее всего, к северу от экватора) происходит формирование иного антропологического типа, ныне называемого восточноафриканским или эфиопским, – с удлинённой формой черепа, узким носом, очень высоким ростом и тёмным – вплоть до чёрного – цветом кожи (см. ил. 2). К этому типу сегодня принадлежат носители большинства афразийских языков Восточной Африки, а также некоторые группы носителей нило-сахарских языков и ряд бантуязычных народов, чадские народы.
Пояс экваториальных лесов, распространившись от Атлантического до Индийского океана, воспрепятствовал активному взаимодействию групп людей по обе стороны экватора, что имело важные последствия для жителей южной части Африки, предков современных носителей койсанских языков. Генетические данные демонстрируют чрезвычайно долгую изоляцию койсаноидного населения Юга Африки от других людей. В отсутствие активных контактов с внешним миром они не имели возможности набрать скорость развития: южнее экватора не было одомашнено ни одного животного, кроме собаки (если только домашняя собака не была привнесена с севера), и ни одного растения. Здешние группы охотников-собирателей переживали постоянный процесс антропологической и языковой конвергенции, активно мигрируя по открытым южноафриканским саваннам и смешиваясь с соседними группами. Так сформировался койсаноидный антропологический тип, характеризующийся светло-коричневым цветом кожи, узким разрезом глаз, морщинистой кожей и относительно низким ростом (см. ил. 3). Древность этого типа подчёркивается и данными генетики, в результате чего многие западные учёные склонны были считать койсаноидов едва ли не рудиментами древнейшего человека на Земле. Древняя конвергенция языков койсаноидов делает сложным сравнительный анализ койсанских языков, несколько групп которых скорее всего имеют разное происхождение.
К этому же времени относится формирование пигмоидного антропологического типа, свойственного охотникам-собирателям экваториального леса (см. ил. 4). Их немногочисленные группы в течение тысячелетий мигрировали по лесам, объединяясь и смешиваясь. Пигмоиды, к которым можно отнести лишь несколько десятков тысяч сегодняшних африканцев, выделяются чрезвычайно малым ростом (средний рост мужчин 144 см), круглой формой головы, большими глазами и тёмно-коричневым цветом кожи. Не до конца ясно, можно ли относить пигмоидов к остаткам древнего расового типа, некогда распространённого по всей Центральной Африке, или же их сегодняшний облик является результатом сравнительно поздней мутации негроидного населения, перешедшего из саванны к лесному образу жизни. Языковые данные – и прежде всего высокая доля субстратной лексики в языках современных пигмоидов