К середине XIX в. относятся первые попытки создания транскрипции для записи сложных для европейца звуков африканской фонетики. В 1848 г. в Лондоне вышла в свет памятка для миссионеров, авторы которой попытались унифицировать системы записи специфических африканских фонем. Несмотря на то что этот труд состоит всего из шести страниц, он стал известен и был воспринят многими ведущими исследователями (включая и С. Кёлле), и явился фундаментом для разработки универсального фонетического алфавита для записи языков Африки. Спустя несколько лет, опять же по просьбе лондонской миссионерской администрации, известный исследователь языков Северной Африки Карл Рихард Лепсиус издал «Стандартный алфавит для унификации записи бесписьменных языков и приведения их к единообразной орфографии, основанной на европейской графике». Лепсиус придерживался принципа «одна фонема – одна графема» и для его соблюдения ввёл в оборот большое количество диакритических знаков, что впоследствии стало препятствием для записи тонов. Позже на основе алфавита Лепсиуса свой универсальный фонетический алфавит предложил К. Майнхоф, а в 1920-х гг. Д. Вестерман, недовольный обилием сложных символов в Международном фонетическом алфавите (International Phonetic Alphabet, IPA), предложил для записи африканских языков усовершенствованный, но весьма простой в использовании алфавит. Его система, использующая удвоение гласной для показателя долготы и французские «акценты» для обозначения тонов, используется большинством африканистов по сей день. Тем не менее быстрое развитие теории фонологии позже потребовало множества нововведений как для транскрипции отдельных языков, так и для обозначения региональных фонетических явлений.
Множество исследований, вышедших в свет в середине XIX в., продемонстрировали европейским учёным, что африканские языки, во-первых, чрезвычайно многочисленны (языковая чересполосица удивляла всех первых африканистов) и, во-вторых, столь же разнообразны. Более того, составители первых сводов данных по языкам Африки не могли не отмечать, что большая плотность различных по словарю и структуре языков в Западной Африке и Судане резко контрастирует с единообразием языков банту Юга Африки. Эти мысли привели к необходимости разработать единую генетическую классификацию языков континента наподобие той, что уже существовала для индоевропейской, семитской, уральской и других языковых семей Евразии.
В 1880-х гг. выходят в свет сразу две гипотезы смешанной ареально-генетической классификации языков Африки. К тому времени европейские исследователи имели возможность работать уже не только в прибрежных, но и во многих глубинных районах Субсахарской Африки, что, безусловно, резко повысило и количественный уровень данных, и качество анализа. В 1883 г. Роберт Каст опубликовал своё исследование «Обзор современных языков Африки» [Cust 1883], где обосновал деление языков континента на шесть подразделений: семьи семитскую и банту,