Наступление очередного засушливого климатического периода в северной части континента стало важнейшей вехой лингвогенеза в Африке. К II тысячелетию до н. э. Сахара стала приобретать примерно тот облик, который она имеет сейчас. Это привело к резкому сокращению населения в пустынной зоне, а также сужению контактов между жителями Северной Африки – средиземноморского побережья и долины Нила – и народами остальной части континента. Снизилась и интенсивность языковых контактов, народы Северной Африки вошли в более тесное соприкосновение с населением Южной Европы и Ближнего Востока, нежели с африканцами, живущими по ту сторону океана пустыни.
В то же время снижение уровня влажности сыграло важную роль и для лингвогенеза в Центральной Африке. В IV–II тысячелетиях до н. э. пояс влажных экваториальных лесов, ранее охватывавший Африку от Атлантики до Индийского океана, резко сократился, в нём появились разрывы, в которые устремились миграционные потоки с севера. Наиболее важной из этих миграций стало распространение народов банту, принадлежащих к нигеро-конголезской макросемье языков. Населяя изначально небольшую область на территории современной Юго-Восточной Нигерии и Западного Камеруна, народы банту в начале I тысячелетия до н. э. начали быстрыми темпами продвигаться на юг и юго-восток из мест своего обитания. Рост интенсивности земледелия и скотоводства приводил к резкому увеличению численности населения в Западной Африке, в то время как центральная и южная части материка были населены лишь редкими группами охотников-собирателей. Освоение металла народами банту в середине I тысячелетия до н. э. [Diop 1976] сделало их продвижение на юг и восток Африки практически безостановочным. Через проходы, образовавшиеся в экваториальном лесном поясе, народы, говорившие на праязыке банту, перешли экватор, их восточные соплеменники колонизовали плодородные области Великих озёр. Народы банту постепенно осваивали и экваториальные области Африки, осушая болота и вырубая лес. К концу I тысячелетия н. э. практически вся Африка к югу от экватора, за исключением засушливых областей вокруг пустынь Калахари и Намиб, была заселена народами банту, языки которых ассимилировали более древнюю речь народов Юга Африки. Некоторые языки банту, на которые перешли потомки древних охотников-собирателей этого региона, восприняли ряд специфических черт