Этот период в истории кыргызов был, по-видимому, самым мрачным и чуть было не приведшим их к полной физической гибели. Джунгарское и Кокандское ханства представляли собой типичные образцы восточных деспотий с элементами рабства. Государство делилось на области-вилайеты, а они, в свою очередь, – на налоговые районы-серкерства. В небольших городах вся власть принадлежала бекам, а в селениях – аксакалам. На севере Кыргызстана родоплеменными подразделениями управляли манапы, родами – бии.
Кыргызское общество, чье положение усугублялось межплеменными распрями и братоубийственными войнами, оставалось разобщенным, вся власть находилась в руках манапов, каждый из которых был полноправным ханом в своем племени. Кыргызская родоплеменная верхушка склонялась к сотрудничеству с завоевателями, а простой народ оказался под бременем двойного гнета – джунгарских и кокандских властей и собственных феодалов. Под натиском врага большинство племен кыргызов вынуждено было оставить свои плодородные долины и спасаться в труднодоступных горных районах Тянь-Шаня, Памира, Алая – вплоть до Гиндукуша на юге и Кунь-Лая на юго-востоке. Позже отдельным родоплеменным объединениям кыргызов с соседними узбеками и казахами удалось освободиться от засилия ойротских захватчиков и вытеснить их за пределы Средней Азии.
В этот период часть кыргызов начала переселяться из горных районов в долины. Однако и там им суждено было пережить еще немало горя.
Население Кокандского ханства – земледельцы, ремесленники и торговцы – снова вытеснило кыргызов из нагорных долин Тянь-Шаня, Памира и Алая в труднодоступные горные районы.
Кокандский деспотизм, феодальный гнет возмущали свободолюбивых кочевников, неоднократно поднимавших народные восстания. Так, в 1842 г. иссык-кульские кыргызы разрушили крепости и изгнали ханские гарнизоны. Мощное восстание кыргызов и казахов против ханского ига произошло в Таласской и Чуйской долинах в 1856–1857 гг. В 1862 г. в Чуйской долине вспыхнуло новое восстание под руководством манапа Байтика. Восставшие кыргызы обратились за помощью к русской администрации в Верном (Алматы). Русские войска при помощи кыргызского ополчения взяли штурмом и разрушили крепость Пишпек. Неоднократно против гнета кокандских ханов восставали и южные кыргызы.
Но разбросанным и разобщенным в труднодоступных районах, страдавшим от притеснений колониальных властей и постоянных внутренних междоусобиц кыргызам трудно было выстоять в неравной борьбе. В этих трудных условиях виделся только один выход: найти более сильного покровителя, который защитил бы кыргызов. Взоры обратились к России, которая в результате экспансионистской политики вплотную подошла к кыргызским землям.
Присоединение кыргызов к России проходило в 3 этапа: в 1855 г. приняли российское подданство иссык-кульские кыргызы, в 1863–1868 гг – центрально-тянь-шанские, а в 1875–1876 гг. Россией были завоеваны