Они иногда не могли правильно расшифровать и свои собственные сообщения, поэтому не удивительно, что им не удалось прочитать ни одного зашифрованного сообщения федералов. Этому факту было бы трудно поверить, если бы конфедераты сами не признали его, напечатав в своих газетах несколько зашифрованных сообщений с просьбой их дешифровки.
Федералы также захватывали шифры Юга и осуществляли перехват курьеров с шифрованными сообщениями. Так, например, в 1863 году во время осады города Виксберга войска У.Гранта захватили восемь повстанцев и у одного из них нашли криптограмму. Её отправили в Вашингтон криптоаналитикам Президента, которые успешно справились с очередной задачей. Хотя дешифровка этой телеграммы не помогла Гранту «взять» Виксберг, но она дало федералам один из ключей, которыми конфедераты пользовались во время войны.
Шпионы как федералов, так и конфедератов зашифровывали свои сообщения очень простыми шифрами. Так, сторонница Севера Элизабет Ван Лью (Elizabeth Van Lew) защищала свои агентурные донесения с помощью буквенно-цифрового шифра, основанного на квадрате Полибия. А сторонница Юга Роза Гринхоу (Rose Greenhow) защищала свои агентурные донесения с помощью шифра случайной замены.
После окончания гражданской войны и победы федералов разработкой кодов и шифров стал заниматься Государственный департамент США. В 1867 году госсекретарь Уильям Генри Сьюард (William Henry Seward) (1801-72) разработал код Госдепартамента на 148 страницах. Однако процесс кодирования и декодирования оказался для дипломатов очень сложным.
Поэтому в 1871 году начальник корпуса связи полковник Альберт Майер разработал для Госдепартамента код на 88 страницах, состоявший из одной части. Книга содержала коды для времени суток, дней, месяцев и – впервые у истории кодов – лет. Она стала первым кодом Госдепартамента, в котором одному кодовому слову соответствовала длинная фраза или целое предложение. Для обозначения времени суток в качестве кодовых слов использовались женские имена, а дней месяца – мужские. Названия городов и стран заменялись цифрами.
Следующую книгу государственных кодов разработал в 1876 году заведующий бюро каталогов и архивов Госдепартамента Джон Генри Хасвелл (John Henry Haswell) (1841-99), который к этому делу подошёл очень серьёзно. Много лет он занимался вопросами стойкости кодов и дороговизны телеграмм, изучал методы шифрования Майера и Стейджера времён Гражданской войны и коммерческие коды, в частности: телеграфный код Слэйтера в 1870 году.
В результате книга Хасвелла, получившая название «Шифр Госдепартамента (1876)», содержала наилучшие черты кодов того времени и имела одну часть на 1200 страницах. Поскольку она имела красную обложку, позже код был назван «красным» (англ. red). Для повышения стойкости своего кода Хасвелл разработал также «Дополнение к шифру Госдепартамента: код, который не поддаётся декодированию».