Кроме того, Мэдисон как член вирджинской делегации на Континентальном конгрессе пользовался номенклатором, состоявшим приблизительно из 846 элементов, чтобы отправлять частные письма губернатору штата Вирджиния Бенджамину Гарисону (Benjamin Harrison). Его система состояла из перечня чисел, букв, слогов и географических названий, таких как Вена и т. п.
С 1801 года Мэдисон, состоя в должности госсекретаря США, для переписки с Ливингстоном, который в то время был послом во Франции, пользовался номенклатором, состоявшим из 1700 элементов. С 1803 года Мэдисон переписывался со своими представителями Ливингстоном и Джеймсом Монро (James Monroe) уже новым кодом, получившим название «шифр Монро». Хотя эта система была названа шифром, она имела все свойства номенклатора, 1600 элементов которого были расположены в алфавитном порядке.
В 1790-х годах американская криптология обогатилась замечательным изобретением. Его автором был государственный деятель, первый госсекретарь, а затем и президент США Томас Джефферсон (Thomas Jefferson). Свою систему шифрования он назвал «дисковым шифром». Этот шифр реализовывался с помощью специального устройства, впоследствии названным «шифратором Джефферсона». Конструкция шифратора может быть кратко описана таким образом.
Деревянный цилиндр разрезался на 36 дисков (в принципе, общее количество дисков может быть и другим). Эти диски насаживались на одну общую ось так, чтобы они могли независимо вращаться на ней. На окружности каждого из дисков выписывались все буквы английского алфавита в произвольном порядке. Порядок следования букв на разных дисках был различным. На поверхности цилиндра выделялась линия, параллельная его оси.
При шифровании открытый текст разбивался на группы по 36 знаков, затем первая буква группы фиксировалась положением первого диска по выделенной линии, вторая – положением второго диска и т. д. Шифрованный текст получался путём считывания последовательности букв по любой параллельно выделенной линии.
Обратный процесс осуществлялся на аналогичном шифраторе: полученный шифротекст выписывался путём поворота дисков по выделенной линии, а открытый текст отыскивался среди параллельных ей линий путём прочтения возможного осмысленного варианта. Хотя теоретически этот метод позволял допустить появление разных вариантов открытого сообщения, но как показал накопленный к тому времени опыт, это было маловероятно: осмысленный текст читался только по одной из возможных линий.
Шифратор Джефферсона реализовывал ранее известный шифр многоалфавитной замены. Частями его ключа был порядок расположения