Вскоре после этого, 19 апреля 1942 года, НКО упразднил Главное управление тыла Красной Армии и подчинил его бывший штаб, управления и отделы начальнику тыла Красной Армии.159 Таким образом ГУПС и другие тыловые управления стали прямо подчинены Хрулеву.160
Эта реорганизация продолжилась 22 мая 1942 года, когда ГКО назначил Хрулева заместителем наркома обороны и создал пост начальника тыла ВМФ, назначив на эту должность генерал-лейтенанта береговой службы С. И. Воробьева. В тот же день ГКО также реорганизовал структуру тыла Красной Армии, увеличив полномочия начальников тыла в действующих фронтах. Теперь они стали заместителями командующих фронтов, а во всех корпусах и дивизиях были учреждены аналогичные посты. Это возложило на данных начальников (заместителей командующих) ответственность за все аспекты тылового обеспечения в пределах их юрисдикции, в том числе за снабжение вооружением, техникой и военным имуществом, за эвакуацию и за обеспечение подчиненных им служб тыла.161 И наконец, ГКО ввел аналогичную иерархию в медицинских службах – академик H. Н. Бурденко стал главным хирургом Красной Армии, а ряд других лиц был назначен на аналогичные посты на уровне НКО, во фронтах и армиях.162
Продолжая эту реорганизацию, в январе 1943 года ГКО повысил статус управления продовольственного снабжения (УПС) до статуса самостоятельного главного управления, но в июне преобразовал его в подчиненное управление под контролем начальника Главного интендантского управления тыла Красной Армии.163 В результате к середине 1943 года возникла новая система продовольственного снабжения, которая просуществовала до конца войны. Теперь она напрямую подчинялась УПС и начальнику тыла Красной Армии через его генерал-интенданта.
В эту систему входили органы продовольственного снабжения на всех уровнях вплоть до батальона.164 Когда НКО сформировал в 1943 году воздушные армии, в каждой из таких армий был создан армейский тыл, а также тыловые части, учреждения и органы во всех крупных соединениях ПВО. И на протяжении всей войны Хрулев, которому в ноябре 1942 года присвоили звание генерал-полковника, а в ноябре 1943 года – генерала армии, оставался начальником тыла Красной Армии и надзирал за этой реформированной системой.165
По любым меркам масштаб тылового снабжения, которым обеспечивали во время войны действующие фронты и армии начальник тыла Красной Армии и связанные с ним управления НКО, просто потрясал. Помимо 100 000 километров дорог, построенных и отремонтированных дорожным управлением, а также 117 000 километров железных дорог, построенных и отремонтированных НКПС, другие тыловые войска построили свыше 6000 аэродромов, а также постоянно снабжали советских партизан и подпольщиков во вражеском тылу.166
В то же самое время главные и оперативные управления начальника тыла получили, отправили на склады и распределили в полевых войсках больше 10 миллионов тонн боеприпасов и огромное количество продовольствия,