Кроме того, у ЦУП ВОСО имелись собственные вооруженные формирования для обеспечения противовоздушной обороны железнодорожных путей и важных железнодорожных узлов. К 1 января 1944 года в эти силы входило 10 зенитно-артиллерийских полков с 40 зенитными пулеметами в каждом и 14 отдельных зенитно-артиллерийских дивизионов с 20 зенитными пулеметами в каждом. Все они централизованно подчинялись отделу противовоздушной обороны. Эти части сопровождали военные конвои и наиболее важные железнодорожные эшелоны.120
В этот период произошли и другие улучшения в сфере железнодорожных сообщений. Например, в начале 1943 года НКО упразднил передовые восстановительные участки НКПС, поскольку в них больше не было необходимости. На протяжении года масштаб восстановления железных дорог постепенно возрастал, а соответственно росла и роль фронтов в определении требований к перевозкам и восстановлению железнодорожных путей, в то время как важность УВВР НКПС постепенно снижалась. К середине 1943 года ГУВВР напрямую ставил задачу перед железнодорожными войсками только при проведении крупной стратегической наступательной операции с участием более чем одного фронта. К этому времени командующие фронтами обычно одобряли планы восстановления железных дорог после одобрения их начальником фронтового ВОСО.
Организационная структура железнодорожных войск в 1943 году тоже улучшилась. НКПС учредил службу снабжения своих УВ-ВРов стройматериалами и строительной техникой и усилил их отделы материально-технического обеспечения. Уже в феврале ГКО одобрил новый штат стандартной железнодорожной бригады и преобразовал по новому штату все бригады бывшего Особого железнодорожного корпуса.121 До конца года НКО добавил к железнодорожным бригадам и батальонам различные новые виды войск, которые заметно улучшили их возможности.122 При восстановительных работах особый упор делался на восстановление и повышение пропускной способности наиболее важных железнодорожных узлов, в основном путем постройки объездных и соединительных путей, дающих составам возможность объезжать узловые станции, тем самым увеличивая пропускную способность участка. Еще одной важной задачей восстановительных войск было строительство перегрузочных станций для обхода заблокированных, уничтоженных или восстанавливаемых участков железнодорожных путей.123
Одним из наиболее важных факторов для поддержания непрерывного движения по железным дорогам было умелое использование паровозов, особенно при планировании и проведении наступательных операций. Стремясь добиться этого, НКПС организовал паровозные колонны и паровозоремонтные поезда или ПРП