Havia, no entanto, alguma confusão bíblica sobre a pedra dos mandamentos como por exemplo no Êxodo 40:20, afirmando que "ele levou as tábuas da lei da Aliança e colocou-as na arca, anexando os polos da arca e colocando a cobertura de expiação sobre ele," enquanto a referência real aos mandamentos vem de uma retrospetiva mais tardia do Deuteronómio. Aparentemente foi nesse ponto que os israelitas antes de transportar a arca na Jordânia foram lembrados por Moisés do seu grande poder e dos eventos anteriores no Monte Horeb. Ele lembrou como as tábuas dos mandamentos, escritas com o dedo de Deus, foram aquelas que ele tinha atirado no chão e quebrado diante dos seus olhos. Ele então contou como tinha sido ordenado para cortar mais duas pedras — onde seria escrito o que tinha sido escrito nas primeiras tábuas — e que eram aquelas as tábuas que ele tinha colocado na arca.
A afirmação de que as tábuas originais em que Deus tinham escrito não foram na verdade colocadas na arca, compreensivelmente tinha sido a causa de algum desânimo porque a narrativa da arca era baseada nessa premissa muito que estudiosos judaicos, relutantemente, reconheceram factualmente suspeita. Para conciliar esta questão incómoda, um compromisso foi concebido na Idade Média por teólogos que concluíram que deve ter havido duas arcas: aquela que Bezaleel construiu (Êxodo 31) e a réplica contendo as tábuas quebradas por Moisés. No entanto, foi salientado que era a arca original de Bezaleel que eventualmente veio a descansar do Templo de Salomão. O destino da réplica com os mandamentos tem sido uma questão que os historiadores judeus têm religiosamente evitado salientar e coube a uma fraternidade cristã etíope explorar a fábula.
Um dos vários equívocos que ainda persistem sobre Moisés é a crença de que, apesar do fato dos estudiosos há muito saberem que eles não eram apenas escritos por diferentes escribas em Jerusalém, mas também durante períodos de tempo diferentes estendendo-se desde provavelmente o final do período pós-exílio — entre o fim do exílio na Babilónia em 538 A.C. e 1 D.C., ele terá escrito o Pentateuco (Génesis, Êxodo, Levítico, Números e Deuteronómio) — tendo em vista a criação de uma história mítica de uma nação hebraica baseada nos costumes, declarações e lendas de outras nações. Foi durante esse período, uns 700 anos depois que Moisés havia falecido que o Deuteronómio foi escrito de uma forma que sugeriu que as palavras estavam vindo diretamente da boca de Moisés. Este foi também o caso de Êxodo e fazia parte da criação de folclore que iria fundamentar a invasão israelita da narrativa de Canaã, alegando que tinha sido a vontade de Deus com Moisés supostamente a afirmar "e quando o Senhor teu Deus te colocar a frente e tu conseguirás derrotá-los, então deverás absolutamente destruí-los. Não deves fazer nenhum pacto com eles e favorecê-los"(Deuteronómio 7:2); "mas tu deverás destruir totalmente, ou seja, os hititas e os amorreus, os cananeus, os perizeus, os heveus e os jebuseus; como o Senhor teu Deus ordenou" (Deuteronómio 20:17); "o Senhor teu Deus irá antes de ti. Ele destruirá estas nações diante de ti, para que devas expropriá-las, e o Josué vai passar por cima da sua cabeça, como o senhor disse" (Deuteronómio 31:3). Hoje no século XXI, o povo palestiniano ainda está a ser desapropriado das suas terras, ainda está a ser privado da sua cultura e ainda está a ser etnicamente eliminado com impunidade arrogante em conformidade com as misturas artificiais dos antigos escribas hebraicos.
O consenso da opinião académica é que tais contas derivaram de quatro diferentes fontes escritas que foram trazidas juntas durante um determinado período para produzir os primeiros cinco livros da Bíblia numa forma composta. As fontes eram referidas como J, a fonte javista (a partir da transliteração alemã do Hebraico YHWH); E, a fonte do Eloísta; P, fonte sacerdotal; e D, a fonte Deuteronomista. Consequentemente o Pentateuco (referido pelos judeus como a Torá) foi composto por material recolhido de seis séculos de folclore que havia sido combinado para fornecer uma narrativa concebível de criação de Deus do mundo e da sua relação com as pessoas em geral e os judeus em particular.
Também havia uma aparente contradição em relação ao santuário portátil da arca, o Tabernáculo da Congregação, cujos detalhes elaborados estão conforme descritos na fonte sacerdotal ("P") Pentateuco não se assemelham à descrição muito mais simples de uma simples tenda com um Eloísta ("E"), afirmando que" agora Moisés costumava levar uma tenda e prepará-la a alguma distância do acampamento, chamando-a de 'tenda da congregação'. Alguém que perguntasse pelo Senhor iria para a tenda da congregação fora do acampamento "(Êxodo 33:7). Isto contrasta com a descrição do padre que tem um magnífico tabernáculo localizado no meio do acampamento com atendentes e guardiães de Levita. Esta versão do Tabernáculo — que posteriormente passou a ser visto como a réplica do Templo de Salomão — teve as suas paredes pesadas drapeadas com peles grossas de linho e cabra e foram concluídas com uma alteração óbvia, mobiliário, tapeçarias, anéis e outros adornos. Um santuário portátil pouco comum e completamente diferente da simplicidade do santuário da tenda de Elohim.
Também deve ser notado que no período de acordo com o evangelho do século XXI não houve ainda um único combinado texto judaico disponível e com apenas uma coleção de diferentes textos individuais existia como foi demonstrado pela descoberta dos pergaminhos nas cavernas de Qumran localizadas alguns dois quilómetros no interior da costa noroeste do Mar Morto. Tais pergaminhos foram para uso nas sinagogas, em vez de disponíveis ao público em geral. O primeiro conjunto de textos combinados a reconhecido como uma Bíblia Hebraica não existia até após a queda de Jerusalém pelos romanos em 70 D. C. com o antigo testamento a ser escrito num estilo hebraico constituído apenas por consoantes. Isto levou a uma tradução grega — referida como a Septuaginta (desde o latim septuaginta: setenta) porque setenta e dois estudiosos foram responsáveis pela tradução — para atender ao aumento da língua grega helenista dos judeus. Durante o século IV D. C., São Jerónimo produziu uma tradução latina, referida como a Vulgata que foi posteriormente usada pelo cristianismo. Infelizmente as provas e a imparcial investigação académica sugerem que a tradução grega da Septuaginta das narrativas hebraicas — realmente indigna de ser referida como uma Bíblia — era uma falsificação bastante básica, cuja deceção perniciosa tem até hoje continuado a lavagem cerebral de multidões crédulas e a causar danos, afetando o destino da humanidade.
Por volta de 900 D.C., os eruditos judeus conhecidos como as massoretas — porque eles anexaram a Massorá, uma coleção de notas tradicionais ao texto — produziram a partir de um texto hebraico antigo um formulário novo, conhecido como o Codex Petropolitanus. Então, independentemente se é o texto massorético, a Vulgata Latina, a versão em inglês ou outro idioma de tradução, a realidade é que eles são todos da Era Atual e como tal sofreram ajustes translacionais e interpretações por escribas empenhados em apresentar uma narrativa — mesmo que ele necessitasse de esticar a verdade — - que serviria como uma convicção religiosa comum para a unificação de um povo desesperado para estabelecer e preservar uma identidade únicas em face da opressão discriminatória. É igualmente importante reconhecer que as referências históricas para a Arca no livro do Êxodo e a partir daí a maior parte do antigo testamento eram frequentes e incluíam os relatos do seu papel crucial na conquista dos israelitas de Canaã; o seu aparente poder de matar sem aviso todos aqueles que desobedeceram as regras para o seu manuseamento; e a fúria do seu poder desencadeado para causar tumores numa escala de pandemia.
Desde então tem sido variadamente conjeturado por historiadores e estudiosos que a Arca pode ter sido levada para longe e destruída; intencionalmente escondida no Monte do Templo; removida de Jerusalém antes da invasão babilónica; levada para a Etiópia pelo Príncipe Etíope Menelik I, o suposto filho do rei Salomão e a rainha de Sabá; recolocada pelos sacerdotes judeus durante o reinado de Manassés; ou simplesmente milagrosamente removida por intervenção divina. Embora a última alusão conhecida à Arca seja no templo datada de 701 A.C., quando o rei assírio Sennacherib cercou as forças de Ezequiel em Jerusalém, a sua existência e destruição ou remoção dos restos do templo estão sujeitas a muito debate.
Apesar da falta de certeza sobre a existência do Poço das Almas — ou até mesmo a Arca da Aliança — a sua localização foi reivindicada em Haram al-Sharif/Monte do Templo em baixo de uma caverna natural sob a rocha sobre a qual, de acordo com a tradição judaica, Abraão se preparava para sacrificar o seu filho Isaac, e de onde a tradição islâmica