Одной из наиболее злободневных тем, которая обсуждалась на заседаниях «Негласного комитета» (и это нашло отражение в протоколах, составляемых Строгановым), была проблема народного образования. Подготовка проекта реформы образования была возложена на Лагарпа, учителя Александра Павловича. Строганов знал об этом, что не помешало и ему самому размышлять и писать о проблеме. Объездив половину России и всю Европу, П.А. Строганов имел общее представление о системе образования в Российской империи и за границей. Сравнение было явно не в пользу отечества. Строганов вообще не увидел образовательной системы в России, назвав ее «хаотичной». По его убеждению, все существующие в стране учебные заведения – частные пансионы, народные школы, кадетские корпуса, университеты – существовали как бы сами по себе, выполняя частные, а не государственные задачи. Еще хуже, по его мнению, дело обстоит с методикой преподавания. Строганов писал, что «методы, используемые в этих школах, устарели. Науки, которые преподают в школах, те же, что и пятьдесят лет назад. Их нужно преобразовывать в соответствии с системой, меняя плохое на хорошее». Прежде всего необходимо было создать единую систему управления образованием, распространив ее по всей территории империи. Система народного образования, размышлял Строганов, должна иметь несколько уровней. На первом уровне следует обеспечить распространение общих знаний, доступных фактически для всех слоев населения. Второй уровень необходим для тех, кто уже получил первый и готовит себя к общественной деятельности. Для приобретения таких знаний необходимы специальные училища: морское, артиллерийское, горное, инженерное. В качестве примера он привел образование во Франции, где наблюдается «систематический порядок, согласно которому все выстроено».
Итак, граф П.А. Строганов принимал активное участие в политической жизни России начала XIX века, вел протоколы «Негласного комитета», сам был автором ряда проектов реформ. Он был одним из инициаторов реформы Сената 1801 года, министерской реформы 1802 года, реформы цензуры и ряда других. В год учреждения министерств Строганов получил чин тайного советника и был назначен товарищем министра внутренних дел, помощником графа В.П. Кочубея. В его ведении находились третья экспедиция Департамента внутренних дел и медицинское ведомство, которым он управлял более трех лет.
С 1804–1805 годов направленность интересов императора Александра Павловича начала меняться с внутренних преобразований на решение внешнеполитических проблем. П.А. Строганов поддержал его и в этом: в 1805 году он сопровождал Александра I в походе против Наполеона; тогда же он исполнял дипломатические