Как следует из писем Завадовского к Безбородко, главная проблема, с которой он столкнулся, заключалась в полном отсутствии дисциплины, «пренебрежении о должностях»: иные профессора «по несколько месяцев не бывали в школах и оставляли праздными свои классы». Как выяснилось, одной из причин подобного поведения стало то, что профессорам нерегулярно платили жалованье. Завадовский поправил положение, и это отчасти решило проблему.
В 1786 году императрица Екатерина утвердила разработанный под руководством Завадовского «Устав народных училищ», на основании которого были также составлены «Правила для учащихся народных училищ» и «Руководство учителям первого и второго разряда народных училищ Российской империи». Особенностью этой реформы было то, что создавалась единая система светской школы: малое народное училище, главное училище, университет – с единой методикой преподавания и учебными планами. За последующие три года главные народные училища были открыты в 25 губернских городах. Обучение в них было бесплатным.
Петр Васильевич Завадовский стоял и у истоков формирования банковской системы в России. В 1781 году, занимая пост директора Санкт-Петербургского дворянского банка, он возглавил комиссию по проверке его деятельности. В процессе работы возник проект обновления этого кредитного учреждения, результатом чего стало создание Государственного заемного банка. В 1786 году Завадовский был назначен его управляющим, а в 1794-м – главным директором.
Заемный банк был создан на основе упраздненных в 1786 году дворянских банков для реализации дарованных жалованными грамотами привилегий дворянству и купечеству. Манифест от 28 июня 1786 года, объявлявший о создании Заемного банка, определил в качестве его главной цели долгосрочное кредитование дворянства и купечества. Кредиты выдавались банком под низкий процент, что должно было избавить заемщиков от произвола ростовщиков. Еще в процессе создания Заемного банка главный директор Ассигнационного банка А.П. Шувалов